Đây là giai đoạn KTV trực tiếp thực hiện chương trình kiểm toán đã được thiết kế ở giai đoạn trước bằng cách sử dụng các thủ tục kiểm toán, gồm có: thủ tục khảo sát kiểm soát, thủ tục phân tích và các thủ tục kiểm tra chi tiết, áp dụng vào các chương trình kiểm toán đã được lập theo các phần hành cụ thể. Trong đó, chủ yếu KTV sử dụng các thủ tục kiểm tra chi tiết để thiết lập các bằng chứng và căn cứ cho cuộc kiểm toán.
Thứ nhất: Thực hiện các khảo sát kiểm soát
Công ty sẽ tiến hành đánh giá các thủ tục kiểm soát nội bộ để xác định sai sót trọng yếu cho từng mục tiêu kiểm toán theo phương pháp tiếp cận có
hệ thống.
Cho mỗi cuộc kiểm toán, Công ty thực hiện việc soát xét và đánh giá môi trường kiểm soát nội bộ và thủ tục kiểm soát của Công ty đối với các giao dịch và số dư quan trọng. Thủ tục kiểm toán cho phép Công ty tập trung công việc kiểm toán vào vùng rủi ro được đánh giá là cao. Với mục tiêu kiểm toán đề ra, Công ty dự định sẽ dựa vào hệ thống kiểm soát nội bộ để thay đổi bản chất, thời gian và phạm vi tiến hành các thử nghiệm cơ bản. Do đó, việc đánh giá kiểm soát của Công ty ở các thủ tục:
●Đánh giá việc thiết kế và thực thi các thủ tục kiểm soát ở từng bộ phận, từng hoạt động:
●Soát xét các thủ tục kiểm soát khác, nếu được đánh giá là cần thiết;
●Kiểm tra tính tuân thủ hệ thống kiểm soát nội bộ của Công ty với Luật Doanh nghiệp, Luật Chứng khoán và các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành liên quan đến hoạt động của Công ty.
Thứ hai: Thực hiện các thủ tục phân tích
KTV xem xét tính Độc lập và tin cậy của các dữ liệu thông tin tài chính, nghiệp vụ bằng cách sử dụng các hệ số, tỷ suất tài chính, ước tính các giá trị ước tính và giá trị ghi sổ, so sánh biến động giữa các giai đoạn, giữa doanh nghiệp và các doanh nghiệp hoạt động cùng ngành, phát hiện và tìm ra các nguyên nhân chênh lệch.
Thứ ba: Thực hiện các thủ tục kiểm tra chi tiết
Tuỳ từng phần hành và khoản mục mà chọn mẫu kiểm tra hay kiểm tra toàn bộ, sử dụng phương pháp kỹ thuật kiểm tra chi tiết để thực hiện kiểm tra đối với khoản mục đã chọn nhằm xác định chênh lệch và các đưa ra biện pháp điều chỉnh hoặc xử lý.
Trong giai đoạn này, KTV thực hiện các thủ tục kiểm toán nhằm mục đích thu thập đầy đủ các bằng chứng cần thiết làm cơ sở để đưa ra ý kiến về
tính trung thực và hợp lý của các BCTC. Các thủ tục kiểm toán được hình thành rất đa dạng và tùy thuộc vào kết quả đánh giá độ tin cậy của HTKSNB của khách hàng. Quy mô, trình tự và các kết hợp cụ thể của các thủ tục kiểm toán phụ thuộc nhiều vào kinh nghiệm và khả năng phán đoán của KTV. Khi thực hiện kiểm tra chi tiết các KTV yêu cầu khách hàng cung cấp đầy đủ các giấy tờ cần thiết cho công việc của mình và mọi phát hiện của KTV đều phải được ghi chép đầy đủ, đây sẽ là cơ sở để đưa ra các ý kiến kiểm toán. Trong chương trình kiểm toán chung có hướng dẫn chi tiết, cụ thể các công việc cần làm cho KTV khi kiểm toán một khoản mục cụ thể.