Theo thông lệ, chi phí chuẩn bị dự án PPP là khá cao với phần lớn được sử dụng thuê các chuyên gia, tư vấn (tài chính, pháp lý, kỹ thuật) thực hiện các hoạt động như
lập đề xuất dự án, lập báo cáo nghiên cứu khả thi và hỗ trợ quá trình đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư. Tuy nhiên, hiện tại không chỉ Bộ GTVT mà một số bộ, ngành và địa phương chưa thể cân đối bố trí kinh phí cho việc chuẩn bị dự án PPP một cách bài bản. Theo đó, rất khó khăn để các Bộ, ngành, địa phương chủđộng lập đề xuất dự án mà hầu hết đều chỉ dừng ở mức có ý tưởng với vài thông tin sơ bộ. Bộ Kế hoạch và Đầu tư cũng đã hình thành quỹ chuẩn bị các dự án PPP tuy nhiên quy mô cũng chỉ 30 triệu USD và quy trình tiếp cận cũng còn chưa thuận tiện.
Trong giai đoạn thực hiện dự án, để mô hình PPP thực sự hiệu quả luôn cần có sự tham gia của Nhà nước, trong đó bao gồm sự tham gia về mặt chính trị, chính sách và cảđóng góp về tài chính. Phần tham gia của Nhà nước trong mô hình PPP trên thế
giới được gọi là phần bù đắp nhằm tăng tính khả thi của dự án PPP, có nghĩa khi Nhà nước tham gia đóng góp tài chính vào dự án với một tỷ lệ nhất định, thì dự án đó mới
đảm bảo khả thi về tài chính cũng như có thể huy động được nguồn vốn từ các ngân hàng. Mặt khác, sự tham gia của Nhà nước tạo niềm tin cho nhà đầu tư bởi hợp đồng PPP là dài hạn trong vòng hàng chục năm. Tuy nhiên, tính sẵn sàng và cam kết cụ thể
về phần vốn tham gia của Nhà nước chưa rõ, cơ chế thực hiện và giải ngân nguồn vốn này chưa được quy định cụ thể. Thực tế cho thấy để có được nguồn ngân sách cho các dự án PPP hiện nay là khá khó khăn. Vì thế, việc tiếp tục triển khai các dự án của các bộ, ngành, địa phương tại thời điểm này gần như bế tắc (đề xuất dự án triển khai theo mô hình PPP được coi là giải pháp để khắc phục tình trạng thiếu nguồn vốn đầu tư từ
nguồn ngân sách nhà nước với kỳ vọng sẽ có phương án đầu tư cho những dự án tồn
đọng này, tuy nhiên để triển khai được dự án theo mô hình PPP thì phải cân đối một khoản ngân sách nhà nước nhất định đểđảm bảo tính khả thi tài chính của dự án lại cũng rất khó khăn).