- Năng lực QLTC của các trường vẫn còn những hạn chế nhất định: + Về công tác QLTC: Đội ngũ cán bộ làm công tác QLTC còn bị động chưa đáp ứng được yêu cầu mới của cơ chế QLTC theo hướng tăng cường tính tự chủ của trường như hiện nay.
+ Đối với cán bộ làm công tác quản lý thu chi tại các trường THCS (thường là cán bộ kế toán) hiện tại vẫn còn hạn chế về kỹ năng làm việc, kiến thức chuyên môn và cả kinh nghiệm làm việc còn hạn chế dẫn đến sai sót trong quá trình thực hiện công việc, và khó khăn trong việc cân đối ngành sách, quản lý sử dụng nguồn thu chi tài chính.
-Về việc ứng dụng các văn bản pháp luật trong QLTC tại các trường THCS vẫn còn những vướng mắc, hầu hết 23 trường THCS ở Việt Trì vẫn còn làm theo hướng thủ công hoặc ứng dụng những các văn bản vào thực tế còn rất khó khăn khiến việc QLTC gặp rất nhiều vấn đề. Vì vậy, vấn đề ứng dụng các văn bản pháp luật vào QLTC là cần thiết nhằm đảm bảo nhanh chóng, chính xác và hiệu quả,hạn chế sai sót trong công tác QLTC của các trường THCS trên địa bàn thành phố Việt Trì.
- Thực tế trong công tác QLTC trong thời gian qua vẫn chưa được hiệu trưởng các trường quan tâm và để ý, và vẫn chưa có sự can thiệp sâu vào công tác QLTC vì nguồn thu và nguồn chi nói chung là không cao chênh lệnh quá nhiều so với thực tế. Công tác QLTC các trường hầu như do bộ phận kế toán thực hiện nên nó phụ thuộc vào trình độ, khả năng làm việc của các cán bộ làm công tác QLTC của trường. Vì vậy, trong thời gian tới, ban lãnh đạo nhà trường cần quan tâm hơn nữa trong việc điều hành, chỉ đạo và kiểm soát công tác QLTC của các trường THCS trên địa bàn của mình.
- Ở thời điểm hiện tại, công tác quản lý thu chi của các trường THCS ở Việt Trì đều được thực hiện dựa trên các văn bản và quyết định của Bộ Giáo dục và Dào tạo là chủ yếu nên thiếu tính chi tiết và sát thực tiễn thành phố Việt Trì, do đó sẽ dẫn tới việc thực hiện quản lý thu chi của các trường có có phần sai sót,