Ở cấp Trung ương cần quy định rõ nhiệm, chức năng QLNN về TMĐT của các cơ quan QLNN. Theo quy định hiện nay, Bộ Công thương là đơn vị được Chính phủ giao thực hiện chức năng QLNN về TMĐT. Ngoài ra trong quá trình thực hiện các chức năng QLNN, Bộ Công thương còn phải phối hợp với các Bộ ngành khác như: Bộ Thông tin và truyền thông; Bộ Tư pháp; Ngân hàng nhà nước, Bộ Công an, Bộ Giáo dục và đào tạo. Do đó để tránh chồng chéo và thiếu hụt về mặt chức năng, nhiệm vụ QLNN cần quy định rõ chức năng nhiệm vụ của từng Bộ trong quá trình thực hiện các chức năng QLNN về TMĐT.
* Bộ Công Thương chịu trách nhiệm trong việc thực hiện quản lý nhà nước về TMĐT, bao gồm:
Xây dựng và tổ chức thực hiện cơ chế, chính sách, chiến lược,quy hoạch, chương trình phát triển TMĐT; trình Chính phủ ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền và hướng dẫn thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật về hoạt động
TMĐT, tiêu chuẩn, quy chuẩn ứng dụng TMĐT và các quy định về quản lý dịch vụ TMĐT đặc thù;
Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan và Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quản lý và thực thi pháp luật đối với các hoạt động kinh doanh TMĐT, bao gồm cấp phép, đăng ký, báo cáo, thống kê, thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm, giải quyết khiếu nại, tố cáo theo thẩm quyền;
Thực hiện các hoạt động tư vấn, hỗ trợ doanh nghiệp triển khai, ứng dụng TMĐT;
Tổ chức thống kê về TMĐT; Chủ trì các hoạt động hợp tác quốc tế về TMĐT;
* Bộ Thông tin và Truyền thông chịu trách nhiệm:
Quản lý an ninh thông tin mạng, hướng dẫn việc xây dựng các hệ thống quản lý kỹ thuật bảo đảm an toàn an ninh thông tin trong TMĐT;
Trình Chính phủ ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các chính sách đẩy mạnh dịch vụ công trực tuyến hỗ trợ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
* Bộ Công an chịu trách nhiệm:
Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan xây dựng và trình Chính phủ ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các quy định về xử lý hình sự đối với những hành vi lợi dụng TMĐT để xâm phạm an ninh, trật tự an toàn xã hội và lợi ích người tiêu dùng;
Chỉ đạo, triển khai công tác phòng, chống tội phạm, tổ chức điều tra, truy tố tội phạm trong hoạt động TMĐT;
Chỉ đạo công an các địa phương phối hợp chặt chẽ với các cơ quan, tổ chức thuộc Bộ Công Thương tiến hành thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm đối với thương nhân, tổ chức và cá nhân vi phạm quy định về trật tự an toàn xã hội trong TMĐT.
* Bộ Kế hoạch và Đầu tư chịu trách nhiệm:
Phối hợp với Bộ Công Thương xây dựng cơ chế, chính sách để thúc đẩy việc phát triển và ứng dụng TMĐT trong doanh nghiệp và cơ quan Nhà nước;
Xây dựng và trình Chính phủ ban hành mã ngành nghề đăng ký riêng cho dịch vụ TMĐT.
* Bộ Giáo dục và Đào tạo chịu trách nhiệm:
Chủ trì nghiên cứu, xây dựng đề án mở ngành học về lĩnh vực TMĐT trình độ cao đẳng và đại học;
Chỉ đạo các cơ sở đào tạo xây dựng, phát triển các môn học, chuyên ngành về lĩnh vực TMĐT;
Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan tổ chức việc đào tạo, cấp chứng chỉ hành nghề về TMĐT;
Chủ trì nghiên cứu và ứng dụng đào tạo trực tuyến phục vụ việc tuyên truyền phổ biến về TMĐT.
* Ngân hàng nhà nước chịu trách nhiệm: Tổ chức, quản lý và giám sát hoạt động của các hệ thống thanh toán, đảm bảo các hệ thống thanh toán hoạt động an toàn và hiệu quả, tăng cường các tiện ích thanh toán điện tử phục vụ cho các hoạt động TMĐT. Triển khai đồng bộ các giải pháp để đẩy mạnh thanh toán không dùng tiền mặt ở Việt Nam.
Ở cấp địa phươngcần quy định rõ chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của các Sở công thương, Phòng Kinh tế (Công thương) các quận huyện trong việc thực hiện các chức năng QLNN về TMĐT