1) Phân bổ nguồn nước đang trở thành yêu cầu cấp thiết trong quản lý tổng hợp tài nguyên nước lưu vực sông ở nước ta hiện nay. Tuy nhiên, cơ chế, chính sách về quản lý và phân bổ tài nguyên nước trong quá trình thực thi đã xuất hiện một số hạn chế như:
- Chưa có cơ chế chính sách rõ ràng trong phân bổ, chia sẻ tài nguyên nước hài hòa, hợp lý giữa các ngành;
- Giữa các đối tượng sử dụng nước chưa thống nhất được cơ chế phân bổ, chia sẻ và cơ chế giải quyết các xung đột, tranh chấp trong sử dụng nước; - Chưa đưa ra được các tiêu chí trong phân bổ/chia sẻ tài nguyên nước hài hòa, hợp lý và hiệu quả giữa các ngành sử dụng nước.
2) Phân bổ nguồn nước trên lưu vực sông mới chỉ được quy định bởi các hệ thống khung pháp lý và nêu các yêu cầu cần phải thực hiện, do vậy, dẫn đến:
- Chưa rõ về các bước thực hiện và cách thức tiến hành phân bổ nguồn nước mặt trên lưu vực sông;
- Xây dựng kịch bản, phương án phân bổ nguồn nước trên lưu vực sông còn chưa rõ ràng và còn nhiều băn khoăn;
- Xác lập cơ chế phân bổ cùng với các tiêu chí, tỷ lệ, thứ tự ưu tiên phân bổ nguồn nước mặt trong tình trạng hạn hán, thiếu nước cho các đối tượng sử dụng nước chưa được nghiên cứu đầy đủ, chưa có tính hệ thống dẫn tới phương pháp thực hiện, công cụ kỹ thuật áp dụng còn khá lúng túng.
3) Xây dựng phương án phân bổ nguồn nước chủ yếu thông qua biện pháp hành chính. Trong mỗi phương án phân bổ nguồn nước trên lưu vực sông trình lên các cơ quan quản lý nhà nước về tài nguyên nước để hỗ trợ ra quyết định, các yếu tố phân tích “nếu - thì” và “phương án nào là tốt nhất”, tỷ lệ phân bổ, thứ tự ưu tiên còn thiếu vắng và chưa được quan tâm đúng mức.