Qua phần trình bày điều kiện tự nhiên và tiềm năng, hiện trạng khai thác sử dụng nguồn nước, có thể rút ra một số đặc điểm riêng có tính đặc thù của lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn về hình thành, khai thác sử dụng nước so với các lưu vực sông khác ở Việt Nam, cụ thể:
1) Lưu vực sông có mật độ lưới sông lớn (>0,5km/km2), có 20 nhánh sông nhập lưu và phân lưu với chiều dài 16 km trở lên, phần thượng lưu của lưu vực có mật độ nhà máy thủy điện tương đối dày đặc (10 nhà máy thủy điện lớn với tổng công suất lắp máy 1.279 MW), nơi phát sinh nhiều mâu thuẫn về tích nước và cấp nước cho khu vực hạ lưu.
2) Lưu vực sông có phần hạ lưu nằm trong vùng kinh tế trọng điểm khu vực miền Trung nói chung và thành phố Đà Nẵng và tỉnh Quảng Nam nói riêng. Phần lớn lưu vực sông Vu Gia do thành phố Đà Nẵng quản lý và lưu vực sông Thu Bồn và một phần lưu vực thượng lưu sông Vu Gia do tỉnh
Quảng Nam quản lý. Do vậy, việc khai thác, ưu tiên sử dụng nguồn nước mặt đa mục đích ở mỗi địa phương cũng có sự khác biệt nhất định.
3) Vùng ven biển Quảng Nam và thành phố Đà Nẵng có chế độ triều khá phức tạp, bờ biển không dài nhưng triều ở phía Bắc (cửa sông Vu Gia) không hoàn toàn giống triều ở phía Nam (cửa sông Thu Bồn). Tại mỗi cửa biển cũng có dạng triều khác nhau, nhìn chung, dạng bán nhật triều chiếm ưu thế nhưng mỗi tháng đều có xuất hiện một số ngày nhật triều;
4) Nước dùng cho sinh hoạt của cộng đồng dân cư vùng hạ lưu phần lớn là nước mặt do sông Vu Gia - Thu Bồn cung cấp, nhưng hiện nay còn bị ảnh hưởng của xâm nhập mặn (do các nhà máy chịu sự tác động của thủy triều nếu dòng chảy thượng nguồn có lưu lượng không đủ đẩy mặn);
5) Hiện nay phần lớn lượng nước được dùng trong sản xuất nông nghiệp là sử dụng nguồn nước mặt từ các công trình hồ chứa và lấy trực tiếp trên các sông rạch. Do vậy, nếu nguồn nước này cung cấp không đủ do nguyên nhân khách quan và chủ quan thì sẽ gây tác hại kinh tế không nhỏ.
Những đặc thù của lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn trên đây sẽ làm cơ sở để xây dựng nguyên tắc và tính toán phân bổ hợp lý nguồn nước mặt cho lưu vực sông nghiên cứu.