Bên cạnh những kết quả đạt được, chất lượng đội ngũ cán bộ chủ chốt cấp xã hiện nay của huyện Phù Ninh còn bộc lộ một số hạn chế:
Một số cán bộ chủ chốt cấp xã chưa thật sự gương mẫu trong nhận thức và hành động, còn vi phạm pháp luật, sa sút về phẩm chất, đạo đức lối sống; thiếu tinh thần trách nhiệm, có biểu hiện quan liêu, hách dịch, xa dân, gây phiền hà cho nhân dân. Tình trạng tham nhũng, lãng phí còn xảy ra ở một số xã gây mất lòng tin của quần chúng nhân dân (xã An Đạo, Tử Đà, Phù Ninh, Liên Hoa).
Nhiều cán bộ chủ chốt cấp xã còn hạn chế về năng lực lãnh đạo, chỉ đạo và điều hành; khả năng nhận thức, tổ chức thực hiện và xử lý những tình huống phát sinh ở địa phương còn nhiều lúng túng; một số cán bộ thiếu khả năng độc lập, quyết đoán trong giải quyết công việc, thụ động trong thực thi các nhiệm vụ; thiếu khả năng bao quát tình hình; thiếu kỹ năng trong công tác tuyên truyền, vận động quần chúng nhân dân chấp hành, thực hiện các chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách của Nhà nước; chưa thể hiện được vai trò, trách nhiệm người đứng đầu. Việc giải quyết các vấn đề phức tạp về lĩnh vực quản lý kinh tế, tài chính, văn hóa, xã hội, tôn giáo, tranh chấp về đất đai, bảo vệ tài nguyên, môi trường còn yếu. Chưa thật sự quyết tâm, học hỏi kinh nghiệm để phát huy tiềm năng, lợi thế và khắc phục khó khăn ở địa phương; còn thụ động, trông chờ, ỷ lại vào sự hỗ trợ, giúp đỡ của cấp trên.
Chất lượng, trình độ về chuyên môn, lý luận chính trị của đội ngũ cán bộ chủ chốt cấp xã đã được quan tâm đào tạo, bồi dưỡng, có bước phát triển, nhưng nhiều cán bộ chủ chốt trình độ chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ của thời kỳ mới cả trong lĩnh vực xây dựng Đảng, quản lý Nhà nước và trước yêu cầu của sự nghiệp đẩy mạnh CNH, HĐH nông nghiệp, nông thôn, phát triển kinh tế, xây dựng nông thôn mới. Tỷ lệ cán bộ chủ chốt có trình độ về lý luận chính trị, chuyên môn nghiệp vụ còn thấp.
sẽ là thách thức so với yêu cầu thực tiễn đặt ra trong giai đoạn hiện nay, nhất là khi trình độ dân trí đã và đang dần được nâng lên; đây cũng là thách thức lớn trước yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của huyện. Do vậy, việc nâng cao năng lực lãnh đạo, trình độ cả về lý luận chính trị, chuyên môn nghiệp vụ, quản lý nhà nước, tin học cho đội ngũ cán bộ chủ chốt cấp xã là nhiệm vụ trọng tâm của Huyện ủy, HĐND, UBND huyện trong thời gian tới.