Đây là nguyên nhân có ảnh hưởng lớn nhất tới thực trạng bất cập trong thực hiện quyền của NBH trên thực tế. Mặc dù BLTTHS năm 2003, Pháp lệnh TCĐTHS 2004 đã có những sửa đổi, hoàn thiện đáng kể, trong đó có ghi nhận sự tiến bộ của các chế định liên quan đến NBH và quyền của NBH. Thông tư số 09/2004/TT-BCA (V19) ngày 16/6/2004, Hướng dẫn áp dụng một số biện pháp bảo vệ người tố giác, người làm
chứng, NBH trong các vụ án về ma tuý; đặc biệt là sự ra đời của Luật phòng, chống mua bán người 2011 và Thông tư liên tịch số 06/2013/TTLT-BCA-BQP-BTC- BNN&PTNT – VKSNDTC hướng dẫn thi hành quy định của BLTTHS về tiếp nhận, giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố, đã đánh dấu một bước tiến vượt
bậc trong việc tăng cường và bảo đảm hơn nữa quyền của NBH. Mặc dù vậy, qua thực tiễn áp dụng, hệ thống pháp luật hình sự và TTHS về quyền của NBH vẫn chỉ mang tính định hướng, nêu “tinh thần” về quyền mà chưa thực sự có ý nghĩa bảo đảm pháp lý thực thi hiệu quả quyền của NBH trên thực tế.
Các nguyên nhân xuất phát từ những bất cập trong các qui định của pháp luật về quyền của NBH đã được phân tích cụ thể ở Chương 3 và có thể khái quát gồm:
+ Định nghĩa về NBH chưa đầy đủ và chính xác, thiếu trường hợp NBH bị thiệt hại về quyền và lợi ích hợp pháp, đặc biệt chưa xác định NBH bao gồm cả cá nhân và pháp nhân, gây nhiều vướng mắc trong thực tiễn xác định ai là NBH. Thời điểm và hình thức công nhận tư cách tố tụng của NBH chưa được xác định, các qui định về thẩm quyền, trình tự, thủ tục xác định NBH vẫn còn bỏ ngỏ.
+ Pháp luật TTHS chỉ mới qui định về trình tự, thủ tục, thẩm quyền và cơ chế nhằm bảo đảm thực hiện quyền tố giác tội phạm và quyền được tham gia phiên tòa của NBH. Các quyền khác của NBH chưa có qui định thủ tục để thực hiện, đặc biệt, không có qui định ràng buộc các cơ quan THTT có nghĩa vụ thực thi các quyền đó. Do vậy, có thể nói, việc qui định các quyền cho NBH mà không kèm qui định về nghĩa vụ thực thi thì chỉ có ý nghĩa trên giấy (về lý thuyết) mà không có giá trị thực tiễn thực thi và bảo đảm quyền.