Một KSNB hữu hiệu chỉ có thể hạn chế tối đa các rủi ro chứ không thể đảm bảo rủi ro, gian lận và sai sót không xảy ra. Bởi vì khi KSNB được thiết kế hoàn hảo thì vẫn phụ thuộc vào yếu tố chủ yếu là con người, tức là phụ thộc vào năng lực làm việc và sự đáng tin cậy của nhân viên trong đơn vị.
Chuẩn mực kiểm toán Việt Nam đã nêu ra những hạn chế tiềm tàng của KSNB như sau:
Thứ nhất, những hạn chế xuất phát từ con người như việc ra quyết định sai do thiếu thông tin, bị áp lực trong sản xuất kinh doanh; sự vô ý, bất cẩn; hiểu sai chỉ dẫn của cấp trên hoặc báo cáo của cấp dưới, việc đảm nhận vị trí công việc tạm thời, thay thế cho người khác.
Thứ hai, gian lận cũng xảy ra do sự thông đồng giữa các nhân viên với nhau hay với các bộ phận bên ngoài doanh nghiệp. KSNB khó ngăn cản được gian lận của người quản lý cấp cao. Các thủ tục kiểm soát là do người quản lý đặt ra để kiểm tra việc gian lận và sai sót của nhân viên. Khi người quản lý cấp cao cố tình gian lận, họ có thể tìm cách bỏ qua các thủ tục kiểm soát cần thiết.
Thứ ba, phần lớn các thủ tục KSNB thường được thiết lập cho các sai phạm dự kiến, các nghiệp vụ thường xuyên, lặp đi lặp lại hơn là các nghiệp vụ không thường
xuyên, do đó khi xảy ra các sai phạm bất thường thì thủ tục kiểm soát trở nên yếu kém, thậm chí vô hiệu.
Thứ tư, rủi ro trong kiểm soát cũng xảy ra khi người quản lý luôn xem xét quan hệ chi phí bỏ ra và lợi ích thu được. Các hoạt động giám sát cũng phải đảm bảo rằng lợi ích có được phải lớn hơn chi phí mà đơn vị bỏ ra.
Thứ năm, nhà quản lý lạm quyền, bỏ qua các quy định kiểm soát trong quá trình thực hiện nghiệp vụ có thể dẫn đến không kiểm soát được rủi ro và làm cho môi trường kiểm soát bị yếu kém.
Tóm lại, KSNB dù được thiết kế và hoạt động tốt đến đâu cũng chỉ cung cấp một sự đảm bảo hợp lý cho nhà quản lý để đạt được các mục tiêu của doanh nghiệp. Tất cả các KSNB đều chứa đựng những hạn chế tiềm tàng vốn có của nó. Đó là những hạn chế liên quan đến sự chủ quan của con người như làm sai, bất cẩn, hiểu sai hoặc KSNB cũng có thể bị vô hiệu hóa nếu có sự thông đồng của nhân viên hoặc nhà quản lý lạm quyền.