Qua đánh giá phân tích diễn biến quá trình sản xuất và tổ chức quản lý sản xuất nơng nghiệp rút ra những tồn tại cần khắc phục trong giai đoạn 2011- 2020 như sau:
1. Cơ cấu kinh tế nơng nghiệp - thủy sản đã cĩ những chuyển biến tích cực, thủy sản phát triển với tốc độ nhanh trong giai đoạn 2006-2010 là 29,24%/năm, đặc biệt tiềm năng thủy sản cịn khá lớn, tuy nhiên những năm qua gặp nhiều khĩ khăn về đầu ra của sản phẩm, mặt khác vốn đầu tư cho thủy sản mà đặc biệt là nuơi thâm canh cá da trơn cần vốn rất lớn. Năm 2005 thủy sản chiếm tỷ trọng nhỏ 9,16%, năm 2010 tăng lên 19,9% GTSX nơng lâm ngư nghiệp (theo giá thực tế).
2. Chuyển dịch cơ cấu trong nội bộ ngành nơng nghiệp bao gồm: trồng trọt - chăn nuơi - dịch vụ nơng nghiệp cịn chậm, trồng trọt luơn chiếm tỷ trọng cao (73,47% năm 2000, 72,89% năm 2005 đến 2010 trồng trọt vẫn cịn 69,85% GTSX nơng nghiệp), chăn nuơi cĩ phát triển song chưa trở thành ngành sản xuất chính trong nơng nghiệp (năm 2000 chiếm 22,58% đến năm 2005 là 24,01%, năm 2010 tăng lên 25,85%). Riêng dịch vụ nơng nghiệp Vĩnh Long cĩ nhiều lợi thế nhưng chưa được phát triển mạnh (năm 2000 chiếm 3,95%, năm 2005 chiếm 3,1%, năm 2010 là 4,3% GTSX nơng nghiệp) và đang cịn dưới dạng tiềm năng.
3. Kinh tế thuần nơng, chuyên canh lúa là đặc trưng của kinh tế nơng thơn Vĩnh Long. Do vậy, con đường để gia tăng sản lượng và giá trị sản lượng thơng qua tăng vụ, thâm canh lúa đã cĩ chiều hướng chửng lại là một trong những nguyên nhân sâu xa làm chậm tốc độ tăng GTSX của ngành nơng nghiệp. Đồng thời, khi thị trường tiêu thụ khĩ khăn, giá lúa xuống thấp, ảnh hưởng “tiêu cực” mang tính dây chuyền đến tồn bộ hệ thống từ người trồng lúa, thu mua, chế biến đến xuất khẩu lúa gạo trong tỉnh.
4. Ngoại trừ cam sành, bưởi Năm Roi, xồi cát Hịa Lộc là đặc sản truyền thống lại cĩ chất lượng khá, song độ đồng nhất của sản phẩm chưa cao. Cịn lại phần lớn các sản phẩm hàng hĩa (lúa, rau, trái cây, thịt, cá,…) cĩ chất lượng trung bình, giá thành lại thường cao hơn mức bình quân của ĐBSCL.
5. Sản xuất nơng nghiệp trong thời gian qua phát triển với tốc độ khá nhưng thiếu tính bền vững, thị trường tiêu thụ khĩ khăn, nơng dân chưa yên tâm đầu tư. Doanh nghiệp chưa mạnh dạn đầu tư vào lĩnh vực chế biến nơng sản, kho trử nơng sản, cơ hội cho người nơng dân bán nơng sản theo giá cĩ lợi cịn thấp. Các nhà máy chế biến thức ăn chăn nuơi và thủy sản cịn ít, nguồn nguyên liệu cịn phụ thuộc vào nhập khẩu, giá cả khơng ổn định. Việc thực hiện hợp đồng giữa doanh nghiệp và nơng dân về tiêu thụ nơng sản chưa nhiều và thiếu chặt chẽ. Thương hiệu cho sản phẩm nơng nghiệp Vĩnh Long cịn ít, thiếu liên kết. Lĩnh vực cơng nghiệp chế biến trái cây, rau, thịt gia súc gia cầm cịn bỏ ngõ.
6. Các hình thức tổ chức sản xuất kinh tế hợp tác, hợp tác xã, trang trại đa dạng, song hoạt động cịn lúng túng, vai trị và lợi thế của kinh tế hợp tác chưa phát huy đầy đủ thế mạnh vốn cĩ trong nền kinh tế hàng hĩa theo cơ chế thị trường.