Sản xuất nông nghiệp hữu cơ có tính đến các yếu tố đảm bảo hệ sinh thái cây trồng vật nuôi, an toàn cho người sử dụng mà không dùng bất cứ loại hóa chất độc hại nào theo khái niệm của IFOAM bắt đầu được thực hiện ở Việt Nam từ cuối những năm 90 của thế kỷ XX, khi một số tổ chức phi chính phủ nước ngoài đến nước ta nghiên cứu và đầu tư các dự án sản xuất hữu cơ.
Đầu tiên là dự án trồng chè hữu cơ tại xã Tức Tranh, huyện Phú Lương (Thái Nguyên) dưới sự hỗ trợ của Tổ chức CIDCE. Tiếp đó là dự án rau an toàn, lúa, cam, bưởi, chè … tại Hà Nội (1998 - 2004) do Tổ chức Phát triển Nông nghiệp Châu Á của Đan Mạch (ADDA) hỗ trợ. Đến năm 2004, dự án của Trung ương Hội Nông dân Việt Nam phối hợp cùng tổ chức ADDA đã triển khai thực hiện thành công NNHC cho nhiều nhóm nông dân tại Lào Cai, Tuyên Quang, Hòa Bình… Các sản phẩm hữu cơ được dự án hỗ trợ bao gồm: rau hữu cơ ở Lương Sơn - Hòa Bình, Thanh Xuân - Sóc Sơn, Hà Nội; chè shan tuyết tại Bắc Hà, Lào Cai; cam Hàm Yên, Tuyên Quang...
Năm 2005, tổ chức ADDA tiếp tục tài trợ “Dự án Phát triển Nông nghiệp hữu cơ”. Dự án được phối hợp thực hiện với Hội nông dân Việt Nam từ tháng 11/2005 đến tháng 10/2012 tại các tỉnh phía bắc bao gồm: Hà Nội, Vĩnh Phúc, Bắc Ninh, Bắc Giang, Hải Phòng, Hòa Bình, Tuyên Quang, Lào Cai, Hà Tĩnh.
Dự án đã thành lập hơn 80 nhóm nông dân sản xuất hữu cơ trên các khu vực đủ điều kiện về môi trường và con người. Thu nhập hàng tháng của người nông dân tham gia dự án tăng từ 50-100%.
Về diện tích, quy mô của nông nghiệp hữu cơ, các số liệu thống kê cho thấy, sản xuất nông nghiệp hữu cơ đang có xu hướng phát triển nhanh ở Việt Nam, đặc biệt là từ năm 2014 trở lại đây.
Giai đoạn 5 năm (từ năm 2007 đến 2011), diện tích nông nghiệp hữu cơ tăng gần gấp đôi, từ 12,12 nghìn ha lên 23,40 nghìn ha; giai đoạn 2012-2016, diện tích nông nghiệp hữu cơ ở nước ta cũng tăng hơn gấp 2 lần, từ 36,29 ha năm 2012 lên 77 nghìn ha năm 2016. Trong cả quá trình 10 năm từ 2007 đến 2016, diện tích nông nghiệp hữu cơ đã tăng hơn 6,35 lần. Và đến nay diện tích nông nghiệp hữu cơ đã tăng gấp nhiều lần
Xuất phát từ nhu cầu của thị trường và sự chủ động của người dân làm nông nghiệp hữu cơ, đến nay, cả nước đã hình thành nhiều mô hình sản xuất – tiêu thụ sản phẩm hữu cơ. Tính đến năm 2020, Việt Nam đã có 33/63 tỉnh thành đã triển khai sản xuất nông nghiệp hữu cơ với nhiều mô hình có hiệu quả, như: trang trại rau củ Organik Đà Lạt, nhà máy chế biến dầu dừa Phú Hưng ở Bến Tre, nhà máy chè Cao Bồ ở Vị Xuyên - Hà Giang, nông trại Viễn Phú sản xuất gạo Hoa sữa và sản phẩm handmade ở Cà Mau…