Đại học Quốc gia Hà Nội là một mô hình quản lý đặc biệt, không có bộ chủ quản, không chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ GD&ĐT và các bộ ngành khác, có vị trí quan trọng trong hệ thống giáo dục đào tạo, được Nhà nước đầu tư lớn từ nguồn NSNN. ĐHQGHN là đơn vị dự toán cấp I, có trách nhiệm điều hành phân bổ kinh phí cho các đơn vị trực thuộc. ĐHQGHN được tổ chức và hoạt động theo quy chế riêng do Thủ tướng chính phủ ban hành và trực tiếp đặt dưới sự quản lý của Thủ tướng chính phủ, được Nhà nước giao quyền tự chủ cao trong các hoạt động đào tạo, tài chính và quan hệ hợp tác quốc tế. [4]
ĐHQGHN là đầu mối cấp I, thực hiện chức năng quản lý nhà nước tương đương các Bộ, ngành đối với các đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc. ĐHQGHN làm việc trực tiếp với Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Được sự ủng hộ của Chính phủ và của các Bộ có liên quan, nguồn đầu tư tăng trưởng liên tục. Chính nguồn NSNN mà ĐHQGHN nhận được cũng như cách thức phân bổ giúp xác định nhiệm vụ của ĐHQGHN. Hiện nay số đơn vị sự nghiệp thực hiện nghị định 43 là 24; trong đó số đơn vị được giao tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính là 22 ( có 6 đơn vị tự đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên, 15 đơn vị tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động thường xuyên, 1 đơn vị đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động).
Từ việc phân cấp quản lý tài chính này đã dần xoá bỏ cơ chế “xin, cho” đối với các đơn vị thuộc ĐHQGHN. Nó tạo điều kiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong mọi hoạt động, nâng cao khả năng cạnh tranh, thu hút nguồn lực để không ngừng nâng cao vị thế trong xã hội. Đồng thời nó giúp cho ĐHQGHN có thể điều phối nguồn kinh phí ngân sách cấp từ các đơn vị
thừa sang các đơn vị thiếu trong các nhiệm vụ trọng tâm mà ĐHQGHN giao cho các đơn vị. Các đơn vị thành viên cũng có thể chủ động hơn trong việc chi tiêu, tăng nguồn thu, mở rộng các hoạt động liên doanh liên kết theo quy định; đồng thời tiết kiệm chi, nâng cao hiệu quả sử dụng kinh phí.