Việc thanh tra kiểm tra thuế TNCN chưa có quy trình cụ thể cũng như chưa có kế hoạch riêng, việc thanh tra, kiểm tra thuế thu nhập cá nhân thường được thực hiện kết hợp với việc thanh kiểm tra chung của doanh nghiệp. Tuy nhiên, một số Cục Thuế cũng đã linh hoạt để có quy trình thanh kiểm tra thuế thu nhập cá nhân để đáp ứng điều kiện tình hình chung.
Bộ phận kiểm tra thuế TNCN nói chung và bộ phận kiểm tra thuế TNCN đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu sự kiểm
tra giám sát về mặt chuyên môn trực tiếp của Tổng cục Thuế cụ thể là Vụ Thanh tra và
Vụ Quản lý thuế thu nhập cá nhân.
Trong quá trình kiểm tra tại doanh nghiệp về thuế TNCN chủ yếu cán bộ kiểm tra chỉ sử dụng quyền yêu cầu ĐTNT có báo cáo về thu nhập toàn cầu của họ. Các kiểm soát viên thuế có quyền đề nghị các ngân hàng cung cấp nội dung giao dịch qua tài khoản của NNT được quy định tại tiết a, điểm 2, Điều 72 Luật Quản lý thuế, tuy nhiên các tổ chức trả thu nhập thông qua tài khoản ngân hàng của cá nhân còn ít, không đầy đủ...
Ngoài ra, cơ quan thuế phối hợp với cơ quan công an nhằm xác định các trường hợp trốn thuế, lậu thuế nhưng liên quan đến thuế TNCN ít xảy ra (chủ yếu là thuế TNCN và TNDN). Trong công tác kiểm tra thuế trước đây có phối hợp với cơ quan Bảo hiểm xã hội, tuy nhiên hiện nay sự phối hợp không còn thực hiện.
Ở Việt Nam hiện nay công tác thanh tra thuế TNCN ít được quan tâm thực hiện. Do vậy, hiệu quả thu thuế TNCN chưa cao. Liên quan đến vấn đề này, tham khảo mô hình thanh thuế tại Cục Thuế TP Hà Nội.
Hình 2.7 : Mô hình kiểm tra của các cấp, các ngành đối với bộ phận kiểm tra thuế thu nhập cá nhân tại Cục Thuế TP Hà Nội
Nguồn: Tổng cục Thuế
Trong thời gian qua, cơ quan thuế đã xây dựng chương trình ứng dụng tin học yêu cầu các đơn vị chi trả thu nhập kê khai thuế qua mạng, qua đó tổng hợp thu nhập của người chịu thuế từ các nơi trên cả nước. Từ các dữ liệu này, Cục Thuế vừa có thư mời những người nổi tiếng trong giới nghệ thuật, người có thu nhập cao đến Cục thuế thực hiện các thủ tục quyết toán thuế TNCN năm 2017 và những năm trước đó.