Ngay từ khi bắt đầu triển khai Luật đã tổ chức xây dựng phần mềm ứng dụng quản lý thuế TNCN mới (Dự án PIT). Từ năm 2010 phần mềm ứng dụng công nghệ thông tin về quản lý thuế đã được xây dựng xong và bắt đầu được triển khai áp dụng thí điểm ở 5 cục thuế (Bắc Ninh, Bắc Giang, Hà Nội, Bình Dương, Đồng Nai), đến năm 2012 đã triển khai rộng trong toàn quốc. Đến nay, phần mềm quản lý thuế TNCN đã được sử dụng trên toàn quốc để đáp ứng yêu cầu quản lý thuế TNCN.
Việc kê khai và nộp tờ khai đăng ký cấp mã số thuế; tờ khai nộp thuế, quyết toán thuế TNCN đã được thực hiện qua cổng thông tin điện tử. Tuy nhiên, do chưa triển khai được chương trình phần mềm ứng dụng công nghệ thông tin về quản lý
thuế trong toàn quốc nên việc sử dụng thông tin phục vụ cho công tác quản lý thuế TNCN còn hạn chế.
Tin học ngành Thuế đã xây dựng và triển khai từng buớc hệ thống ứng dụng rộng khắp phục vụ các yêu cầu trọng tâm của công tác quản lý thuế và quản lý nội bộ ngành, trong đó uu tiên hàng đầu cho việc ứng dụng tin học đối với quản lý thuế ở cấp Cục Thuế (vì Cục Thuế quản lý thu đối với các DN lớn và vừa, chiếm đại bộ phận số thu nội địa) và việc ứng dụng công nghệ tin học đã tác động tích cực đến việc cải tiến và thống nhất cơ chế, quy trình quản lý thuế nói chung và nâng cao hiệu lực và hiệu quả quản lý thuế thu nhập cá nhân.
Giai đoạn này đã thực hiện ứng dụng công nghệ tin học một cách có hệ thống trên cơ sở cải cách quy trình quản lý thuế, liên kết việc xử lý thông tin về thuế giữa các khâu quản lý thu, nộp thuế trong nội bộ ngành Thuế và với Kho bạc, hỗ trợ tích cực cho công tác quản lý và chỉ đạo thu của lãnh đạo và các bộ phận nghiệp vụ quản lý thu. Các vấn đề nghiệp vụ đuợc đua vào tin học hoá trong giai đoạn này là: quản lý đăng ký thuế và cấp mã số ĐTNT; xử lý tờ khai, giấy nộp tiền thuế để tính và phát hành thông báo nộp thuế; lập bộ và theo dõi tình hình thu, nộp, tính phạt; thực hiện công tác kế toán, thống kê thuế và theo dõi tiến độ thực hiện dự toán thu thuế; liên kết thông tin về thuế với các ngành liên quan nhu Kho bạc, Hải quan. Kết quả nổi bật là việc triển khai thành công ứng dụng công nghệ tin học vào công tác đăng ký cấp mã số thuế thu nhập cá nhân và hệ thống quản lý thu thuế, trong phần mềm có chuơng trình quản lý đăng ký thuế của DN. Chuơng trình đăng ký thuế và cấp mã số thuế, đuợc coi là cốt lõi để tạo cơ sở cho việc quản lý ĐTNT và quản lý thuế. Với việc cập nhật và luu giữ toàn bộ thông tin kê khai đăng ký thuế của hơn 1,5 triệu ĐTNT, trong đó có hơn 140 nghìn DN, chuơng trình đã trợ giúp tra cứu khai thác thông tin về ĐTNT, hoạt động của ĐTNT trên các địa bàn cả nuớc. Đồng thời, chuơng trình còn trợ giúp tổng hợp thống kê số ĐTNT theo các tiêu thức khác nhau phục vụ công tác quản lý thuế và cung cấp thông tin cho các ngành, các cấp.
Công tác phát triển tin học giai đoạn này có những đặc điểm khác hẳn giai đoạn truớc: phát triển ứng dụng một cách có hệ thống thay cho việc phát triển mang
tính chất phục vụ một số nhu cầu tính toán đơn giản; thiết lập hệ thống các mạng máy tính cục bộ tại các Cục Thuế thay thế dần việc sử dụng các máy tính đơn lẻ; thiết lập môi truờng mạng truyền dữ liệu phục vụ việc trao đổi thông tin giữa các cấp nhanh chóng, chính xác.
Ngành Thuế đã uu tiên tiến hành xây dựng hệ thống các ứng dụng phục vụ công tác quản lý thuế thu nhập cá nhân cùng với việc thiết lập hệ thống cơ sở dữ liệu về thuế trong ngành Thuế. Hệ thống các ứng dụng mà ngành Thuế đã phát triển hiện nay là 16 chuơng trình. Hệ thống các quy chế chuyên môn tin học đã dần đuợc hình thành. Đội ngũ cán bộ tin học đuợc đào tạo nâng cao trình độ kỹ thuật và kỹ năng điều hành hệ thống. Số cán bộ thuế biết sử dụng máy tính vào công tác nghiệp vụ tăng nhanh, đặc biệt ở cấp Cục Thuế (cấp trực tiếp quản lý thu), góp phần tăng hiệu quả công tác quản lý.