Phạm vi kế hoạch kiểm tra thuế bao gồm kế hoạch theo đánh giá rủi ro và kế hoạch theo chuyên đề.
Việc xây dựng kế hoạch kiểm tra thuế phải được thực hiện theo phân tích rủi ro và tuân thủ các quy định tại Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính về quản lý rủi ro trong quản lý thuế; Quyết định số 1626/QĐ-TCT ngày 27/9/2017 của Tổng cục Thuế về Quy trình quản lý rủi ro trong xây dựng kế hoạch kiểm tra NNT.
Việc lập kế hoạch kiểm tra theo phân tích rủi ro và theo chuyên đề về quy mô, ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh phải được áp dụng Bộ Tiêu chí rủi ro ban hành kèm theo Quyết định số 1006/QĐ-BTC ngày 01/11/2016 của Bộ Tài chính và thực hiện trên ứng dụng TPR, gắn với tình hình thực tế kinh doanh của các doanh nghiệp thuộc địa bàn.
Đối với kế hoạch kiểm tra các chuyên đề khác ngoài chuyên đề về quy mô, ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh do không thực hiện được trên TPR nên các Cục Thuế phải xây dựng Bộ tiêu chí để phân tích rủi ro.
Kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế cấp dưới phải đảm bảo nguyên tắc tránh chồng chéo, trùng lắp với kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế cấp trên và kế hoạch thanh tra của Thanh tra Chính Phủ, Kiểm toán nhà nước, Thanh tra Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế.
Việc tổng hợp danh sách NNT để tổng hợp lập kế hoạch kiểm tra trên phần mềm ứng dụng TPR (Tỷ lệ Doanh nghiệp đưa vào rà soát trước khi lập kế hoạch) không vượt quá 250% kế hoạch dự kiến được phê duyệt.
Kế hoạch kiểm tra theo chuyên đề hàng năm không vượt quá 30% nhiệm vụ kiểm tra được giao.
Tổng cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch kiểm tra trước ngày 15 tháng 10 hàng năm; Cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch kiểm tra trước ngày 01 tháng 11 hàng năm.
Cục thuế lập danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch kiểm tra của mình gửi đến Tổng cục Thuế chậm nhất vào ngày 25 tháng 11 hàng năm.
Tổng cục trưởng phê duyệt kế hoạch kiểm tra của Cục thuế trước ngày 15 tháng 12 hàng năm.
Kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt khi cần điều chỉnh phải được Thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch kiểm tra quyết định việc điều chỉnh. Kế hoạch được điều chỉnh nếu thuộc các trường hợp sau: Theo chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hoặc Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên, hoặc đề xuất của cơ quan được giao nhiệm vụ kế hoạch kiểm tra.
Trường hợp đến cuối năm tài chính các cơ quan quản lý thuế chưa thực hiện kiểm tra hết các đối tượng kiểm tra trong kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt thì các đối tượng kiểm tra còn lại chưa kiểm tra hết phải ưu tiên chuyển sang kế hoạch kiểm tra năm sau liền kề.