Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được tiến hành chậm nhất là 10 ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra thuế. Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố quyết định kiểm tra thuế và giải thích nội dung kiểm tra theo quyết định.
Các thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện phần công việc theo sự phân công của Trưởng đoàn kiểm tra và chịu trách nhiệm về phần công việc được giao. Kết thúc phần việc được giao, thành viên đoàn kiểm tra phải lập biên bản xác định số liệu kiểm tra với đại diện người nộp thuế (Mẫu số 07/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).
Trong quá trình thực hiện kiểm tra, Đoàn kiểm tra được quyền kiểm tra tài sản, vật tư, hàng hóa, xem xét chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế. Đối với những thông tin, tài liệu, số liệu người nộp thuế đã nộp cho cơ quan thuế theo quy định hiện hành như: Tài liệu, hồ sơ về đăng ký, kê khai nộp thuế báo cáo sử dụng hóa đơn,... thì đoàn kiểm tra không yêu cầu người nộp thuế cung cấp mà khai thác, tra cứu tại cơ quan thuế để phục vụ cho việc kiểm tra.
Trường hợp người nộp thuế thực hiện kế toán trên máy vi tính bằng phần mềm kế toán (đáp ứng quy định tại Thông tư 103/2005/TT-BTC ngày 24/11/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn tiêu chuẩn và điều kiện của phần mềm kế toán) thì đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán được lưu trữ trên các dữ liệu điện tử đọc được bằng các phần mềm văn phòng thông dụng, có nội dung như bản người nộp thuế đã in ra để lưu trữ theo quy định, mà không yêu cầu in ra giấy.
Thời hạn kiểm tra tại trụ sở của Người nộp thuế không quá 5 ngày làm việc thực tế, kể từ ngày bắt đầu công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Trong trường hợp xét thấy cần phải kéo dài thời gian để xác minh, thu thập tài liệu, chứng cứ thì chậm nhất là trước một ngày kết thúc thời hạn kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan Thuế để có quyết định bổ sung thời hạn kiểm tra (theo Mẫu số 18/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC). Mỗi cuộc kiểm tra chỉ được bổ sung thêm thời hạn kiểm tra một lần. Thời gian bổ sung không quá 5 (năm) ngày làm việc thực tế.
Trong thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phát sinh trường hợp bất khả kháng phải tạm dừng kiểm tra thì người nộp thuế phải có văn bản đề nghị nêu rõ lý do tạm dừng, thời gian tạm dừng. Theo đó, trưởng đoàn kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành thông báo về việc tạm dừng kiểm tra.
Trường hợp phải tạm dừng bởi lý do bất khả kháng từ cơ quan thuế thì trưởng đoàn kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành thông báo về việc tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.
Trường hợp người nộp thuế không chấp hành quyết định kiểm tra thuế quá thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày phải chấp hành quyết định của cơ quan có thẩm quyền hoặc từ chối, trì hoãn, trốn tránh việc cung cấp hồ sơ tài liệu hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế quá thời hạn 06 (sáu) giờ làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền trong thời gian kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thì bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.
Việc xử phạt vi phạm hành chính được thực hiện thông qua biên bản vi phạm hành chính có chữ ký của người nộp thuế hoặc đại diện người nộp thuế. Trường hợp người vi phạm, đại diện đơn vị vi phạm không có mặt hoặc cố tình trốn tránh hoặc vì lý do khách quan mà không ký vào biên bản thì biên bản phải có chữ ký của đại diện chính quyền cơ sở nơi xảy ra vi phạm hoặc của 2 người chứng kiến.
* Những nội dung chính khi kiểm tra thuế TNDN tại đơn vị:
- Kiểm tra về hạch toán kế toán và sổ sách kế toán:
Chế độ kế toán và sổ sách được áp dụng theo Chuẩn mực kế toán và Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài Chính.
- Kiểm tra về khai thuế Thu nhập doanh nghiệp:
Dữ liệu được cán bộ thanh tra kiểm tra lấy từ hệ thống quản lý ngành thuế. Những dữ liệu này là tài liệu ban đầu của cuộc kiểm tra, hệ thống số liệu báo cáo và dùng để đối chiếu, so sánh với sổ sách của đơn vị cung cấp khi đoàn kiểm tra làm việc tại đơn vị.
Thuế TNDN là loại thuế có kỳ tính thuế theo năm, NNT khai quyết toán năm và khai quyết toán đến thời điểm có quyết định về việc doanh nghiệp thực hiện chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi hình thức sở hữu, giải thể, chấm dứt hoạt động.
Hồ sơ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm:
+Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo mẫu số 03/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
+Báo cáo tài chính năm hoặc Báo cáo tài chính đến thời điểm có quyết định về việc doanh nghiệp thực hiện chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi hình thức sở hữu, giải thể, chấm dứt hoạt động.
+Một hoặc một số phụ lục kèm theo tờ khai như:
Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh theo mẫu số 03-1A/TNDN, mẫu số 03-1B/TNDN, mẫu số 03-1C/TNDN.
Phụ lục chuyển lỗ theo mẫu số 03-2/TNDN.
Phụ lục về ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp: Mẫu số 03-3A/TNDN,Mẫu số 03-3B/TNDN, Mẫu số 03-3C/TNDN.
Phụ lục thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản theo mẫu số 03-5/TNDN.
Phụ lục báo cáo trích, sử dụng quỹ khoa học và công nghệ (nếu có) theo mẫu số 03-6/TNDN.
Phụ lục thông tin về giao dịch liên kết (nếu có) theo mẫu 03-7/TNDN.
Phụ lục tính nộp thuế thu nhập doanh nghiệp của doanh nghiệp có các đơn vị sản xuất hạch toán phụ thuộc ở tỉnh thành phố trực thuộc Trung ương khác với địa phương nơi đóng trụ sở chính (nếu có) theo mẫu số 03-8/TNDN.
- Kiểm tra về tính thuế Thu nhập doanh nghiệp phải nộp:
- Doanh thu tính thuế
Kiểm tra thời điểm ghi nhận doanh thu, đối chiếu sổ sách kế toán và kê khai doanh thu trên BCTC và quyết tóan thuế.
Thời điểm ghi nhận doanh thu: đối với hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hàng hóa cho người mua, đối với dịch vụ là thời điểm dịch vụ hoàn thành hoặc hoàn thành từng phần việc cung ứng dịch vụ cho người mua; Đối với hoạt động vẫn tải là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ vận chuyển cho người mua.
- Chi phí được trừ
Kiểm tra điều kiện xác định chi phí được trừ: là khoản chi phí thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp trừ khoản chi thực hiện nhiệm vụ an ninh, quốc phòng của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật; khoản chi đủ hóa đơn chứng từ theo quy định của pháp luật; đối với hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng (giá đã có thuế GTGT) trở nên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Các khoản chi không được trừ là các khoản chi không đáp ứng các điều kiện theo quy định, trừ phần giá trị tổn thất do thiên tai, dịch bệnh, hỏa hoạn và trường
hợp bất khả kháng khác không được bồi thường. - Thu nhập chịu thuế khác
Kiểm tra, xác định các khoản thu nhập khác, bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản; thu nhập từ chuyển quyền sử dụng tài sản, quyền sở hữu tài sản, kể cả thu nhập từ quyền sở hữu trí tuệ theo quy định của pháp luật; thu nhập từ chuyển nhượng, cho thuê, thanh lý tài sản, trong đó có các loại giấy tờ có giá; thu nhập từ lãi tiền gửi, cho vay vốn, bán ngoại tệ; khoản thu từ nợ khó đòi đã xóa nay đòi được; khoản thu từ nợ phải trả không xác định được chủ.
- Thu nhập được miễn thuế
Đối chiếu với quy định về Thu nhập đựợc miễn thuế, có đủ điều kiện được ghi nhận là thu nhập được miễn thuế hay không. Thu nhập được miễn thuế bao gồm Thu nhập từ thực hiện dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ nông nghiệp; thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ...; thu nhập từ hoạt động liên doanh được chia sau thuế; khoản tài trợ nhận được sử dụng cho hoạt động giáo dục...; thu nhập từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản.
- Xác định lỗ và chuyển lỗ
Căn cứ vào Biên bản các năm đã được kiểm tra trước của doanh nghiệp, xác định số lỗ và thời gian chuyển lỗ. Doanh nghiệp sau khi quyết toán thuế mà bị lỗ thì được chuyển lỗ toàn bộ và liên tục số lỗ vào thu nhập của những năm tiếp. Thời gian chuyển lỗ liên tục không quá 5 năm, kể từ năm tiếp năm sau phát sinh lỗ.
- Trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ
Kiểm tra mức trích có đúng quy định không. Mức trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ là 10% thu nhập tính thuế hàng năm trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Thuế suất thuế TNDN :
Kể từ ngày 01/01/2016 Thuế suất thuế TNDN áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thuế suất 20%. Doanh nghiệp được thành lập hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có tổng doanh thu không quá 20 tỷ đồng được áp dụng thuế suất 20%. Thuế suất áp dụng với cơ sở kinh doanh tiến hành tìm kiếm, thăm dò khai thác dầu khí từ 32% đến 50%. Đối với với tào nguyên quý hiếm khai thác là 50%.
- Ưu đãi thuế và Miễn giảm thuế TNDN
Thuế suất ưu đãi tính từ khi doanh nghiệp bắt đầu hoạt động kinh doanh có doanh thu. Miệc thuế tính từ năm có thu nhập chịu thuế. Trường hợp chưa có thu nhập trong 3 năm đầu thì thời gian miễn thuế tính từ năm thứ 4. Ưu đãi không áp dụng đối với thu nhập khác; thu nhập từ tìm kiếm thăm dò khai thác dầu khí và tài nguyên quý hiếm khác; thu nhập từ kinh doanh trò chơi có thưởng, cá cược theo quy định pháp luật.
Thuế suất miễn giảm : 10% trong 15 năm, miễn tối đa 4 năm, giảm 50% tối đa 9 năm tiếp theo đối với doanh nghiệp thành lập mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn; khu công nghệ cao; doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng đặc biệt quan trọng của Nhà nước, sản xuất phần mềm. Doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực giáo dục, đào tạo dạy nghề.... áp dụng thuế suất 10% trong suốt quá trình hoạt động. Hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp, quỹ tín dụng nhân dân áp dụng thuế suất 20% trong suốt quá trình hoạt động. Thông tư 96/2015/TT-BTC đã sửa đổi, bổ sung một số điều như sau: Áp dụng thuế suất ưu đãi 10% đối với thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản của doanh nghiệp tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn. sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng, vật nuôi; sản xuất, khai thác và tinh chế muối trừ sản xuất muối. Áp dụng thuế suất 15% đối với thu nhập của doanh nghiệp trồng trọt, chăn nuôi, chế biến trong lịnh vực nông nghiệp và thủy sản, trồng, chăm sóc và bảo vệ rừng không thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn đặc biệt khó khăn.