Hoạt động nghiệp vụ NHQT ra đời từ việc mở rộng hoạt động kinh doanh cúa các ngân hàng và doanh nghiệp ra khỏi phạm vi lãnh thổ quốc gia, việc triển khai chịu sự chi phối cúa luật quán trị ngân hàng, luật quản lý ngoại hối, luật thuế...của các quốc gia nên rất khó khăn và phức tạp. Chẳng hạn, trong hoạt động thanh toán quốc tế, do luật pháp mỗi nước khác nhau nên trong thương mại đã có những quy định thống nhất những thông lệ quốc tế mà các bên tham gia, kể cả ngân hàng đều phải tuân thủ: UCP600, URC522, INCOTERMS2010,...do Phòng thương mại quốc tế phát hành, đây đều là những quy phạm pháp luật tuỳ chọn, nhưng khi
đã chọn thì buộc phải tuân theo. Cán bộ ngân hàng làm công tác TTQT phải nắm rõ các phương tiện và phương thức thanh toán quốc tế, bởi vì các phương tiện và phương thức này quy định rất chặt chẽ nội dung từng câu chữ và có hiệu lực quốc tế. Muốn thực hiện công việc này trôi chảy, tránh gây hiểu nhầm và thiệt hại đáng tiếc cho ngân hàng, đòi hỏi cán bộ TTQT phải có chuyên môn cao. Hơn nữa, chứng từ sử dụng trong giao dịch đều sử dụng ngoại ngữ nên đòi hỏi cán bộ nghiệp vụ một trình độ ngoại ngữ nhất định.
Ngoài ra, hạn chế trong việc tiếp cận khách hàng và đối tác do khoảng cách
địa lý và khác biệt về ngôn ngữ cũng là yếu tố bất lợi trong triển khai hoạt động này. Hơn nữa, các giao dịch thường có giá trị lớn và bằng ngoại tệ, yếu tố luôn biến
động theo những xu hướng khác nhau phụ thuộc vào sức khỏe của nền kinh tế thế
giới càng làm tăng mức độ rủi ro.