Lãi suất của ngân hàng phụ thuộc vào quy định của NHNN nên ngân hàng không thể chủ động trong việc quy định lải suất. Tuy nhiên để kiểm soát tốt chi phí lãi, ngoài công cụ lãi suất SCB cần cơ cấu lại nguồn vốn huy động, hƣớng đến các khoản tiền gửi lãi suất thấp nhƣ tiền gửi không kỳ hạn hoặc tiền gửi có kỳ hạn dƣới một tháng.
Bên cạnh đó, ngân hàng điều chỉnh cơ cấu huy động vốn theo hƣớng tăng nguồn vốn từ thị trƣờng một, và hạn chế nguồn vốn huy động từ thị trƣờng hai. Bởi thông thƣờng lãi suất nhận vốn từ thị trƣờng hai cao hơn so với vốn huy động từ thị trƣờng một. Để có thể làm đƣợc việc này mỗi ngân hàng sẽ có những cách khác nhau, trong đó tập trung vào việc xây dựng chính sách khách hàng thân thiết, tạo mối quan hệ bền lâu với khách hàng đƣợc nhiều ngân hàng chú trọng. Đa dạng hóa các sản phẩm dịch vụ tiền gửi cũng là vấn đề luôn đƣợc lãnh đạo các ngân hàng quan tâm phát triển.
Vì chi phí lãi của SCB không chỉ trên sổ sách kế toán mà nó còn ẩn trong hoạt động kinh doanh mua bán vàng hoặc chi ngoài. Việc kiểm soát chi phí này cần phải đƣợc quan tâm vì liên quan đến rủi ro đạo đức. Ngân hàng phải tăng cƣờng kiểm soát hoạt động thỏa thuận lãi suất, quản lý các chứng từ xác nhận việc nhận các khoản tiền chi thêm của khách hàng.
Ngoài ra, ngân hàng có thể dùng biện pháp thi đua, khen thƣởng cho các đơn vị có lƣợng huy động vốn cao với chi phí thấp. Điều này sẽ thúc đẩy các đơn vị tích cực tìm kiếm khách hàng, thỏa thuận khoản chi ngoài lãi ở mức hợp lý, vừa phải, tiết giảm chi phí cho ngân hàng. Việc kiểm soát chi phí lãi phải đƣợc thực hiện theo đúng quy trình quy chế, kiểm soát toàn diện trên cơ sở phối hợp với các phòng ban nghiệp vụ.