Cũng như bất kỳ dự án nghiên cứu nào, nghiên cứu này cũng có nhiều hạn chế. Thứ nhất, nghiên cứu này chỉ được thực hiện đối với các DNNN được niêm yết trên Sở giao dịch trên sàn chứng khoán TP.HCM. Nhiều DN khác có mức sở hữu của nhà nước <35% và được niêm yết trên Sàn giao dịch chứng khoán Hà Nội nên được tiếp tục thực hiện trong các nghiên cứu khác nhau để tăng độ tổng quát cho mô hình nghiên cứu.
Thuế là một nhân tố rất quan trọng tác động đến hiệu quả hoạt động của các doanh nghiệp, cả trên lý thuyết và các kiểm chứng thực tế. Tuy nhiên, trong điều kiện chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp ở Việt Nam hiện nay, áp dụng một mức thuế suất chung nhất cho mọi ngành nghề, mọi doanh nghiệp ở các địa phương khác nhau đều cố định ở mức 25% (trừ một số loại hình doanh nghiệp ưu đãi đầu tư) thì không thể nghiên cứu được tác động của thuế đến hiệu quả hoạt động của DNNN Việt Nam. Do vậy, trong mô hình kinh tế lượng đề xuất không có biến giải thích là thuế thu nhập doanh nghiệp. Trong điều kiện sau này khi chính sách thuế của Việt Nam phát triển hoàn thiện hơn nữa thì nhất thiết biến này cần được đưa vào để hoàn thiện mô hình.
Để nhận thấy khác biệt trong sự tác động của các nhân tố theo từng nhóm ngành nghề kinh doanh, nghiên cứu này có thể phân tích theo từng nhóm ngành (chạy riêng các mô hình hồi quy), sau đó so sánh độ mạnh yếu của từng nhân tố (thông qua hệ số B). Từ đó có thể đưa ra các kết luận và hàm ý chính sách riêng cho từng nhóm ngành.
Các biến phân tích chủ yếu vẫn là các nhân tố thuộc nội tại của DNNN mà chưa phân tích đến các nhân tố môi trường bên ngoài DN như là các chính sách quản lý tài chính đối với DNNN, minh bạch thông tin thị trường, thúc đẩy thị trường chứng khoán phát triển,…