Hiện nay, với sự phát triển như vũ bão của Internet và công nghệ thông tin, TMĐT là xu hướng tất yếu với sự hình thành các loại hình kinh doanh TMĐT mới khiến CQT gặp trở ngại trong công tác quản lý. Nhiều quốc gia đều nhận thức được rằng, việc đào tạo, trang bị hiểu biết về TMĐT và nâng cao trình độ quản lí thuế đối với hoạt động TMĐT cho cán bộ thuế là một việc quan trọng và vô cùng cần thiết.
Đối với cơ quan thuế Việt Nam hiện nay, việc tuyển dụng cán bộ được thực hiện thông qua một kỳ thi tuyển nói chung, sau khi trúng tuyển sẽ được phân về vào làm việc tại các bộ phận quản lý thuế khác nhau. Ngoài ra, việc tuyển dụng cán bộ quản lý thuế và cán bộ ngành công nghệ thông tin là hoàn toàn độc lập, tình trạng cán bộ thuế không am hiểu về công nghệ thông tin và cán bộ công nghệ thông tin lại thiếu kiến thức về nghiệp vụ thuế. Tuy nhiên, quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT đặt ra yêu cầu một người cán bộ thuế cần nắm vững chuyên môn, nghiệp vụ về
Thuế trong TMĐT cũng như kỹ năng về công nghệ thông tin. Vì vậy, để hình thành đội ngũ cán bộ đủ đáp ứng yêu cầu quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT, ngay khi tuyển dụng cán bộ vào làm việc tại bộ phận quản lý thuế TMĐT, CQT cần tổ chức các khóa đào tạo để bồi dưỡng về chuyên môn nghiệp vụ quản lý thuế và kiến thức về công nghệ thông tin.
Ngoài ra, hiện nay Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) đang trình lên Chính phủ và Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị bổ sung chức năng Điều tra thuế cho Tổng cục Thuế. Trong trường hợp đề xuất này được phê duyệt, đối với việc điều tra hành vi vi phạm pháp luật thuế của doanh nghiệp kinh doanh TMĐT, cán bộ thuế cần được đào tạo về kỹ năng điều tra tội phạm máy tính, bao gồm kỹ thuật phục hồi dữ liệu máy tính đã bị xóa bỏ, ... Cán bộ làm việc trong bộ phận quản lý thuế TMĐT cần chuẩn bị cho mình kiến thức về Luật bản quyền, Luật Sở hữu trí tuệ để có thể có phương án giải quyết trước những hình thức gian lận, trốn thuế phức tạp và ngày một phổ biến.
Ngoài việc tự đào tạo trong nước, có thể mời chuyên gia nước ngoài về đào tạo; cử cán bộ tham dự các khóa đào tạo ngắn hạn mục tiêu đào tạo học viên thành thạo các phương pháp thu thập và phân tích dữ liệu từ các máy tính của các công ty và phần mềm kế toán, tài chính. Tham gia các hội thảo chuyên đề trong khu vực và của các tổ chức quốc tế như SGATAR (Hiệp hội nghiên cứu và quản lý thuế châu Á), OECD (“Tổ chức hợp tác và phát triển kinh tế”)...
Bên cạnh việc đào tạo theo hình thức giảng dạy, CQT cũng cần tổ chức các Hội thảo tọa đàm về quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT, nơi mà những cán bộ quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT ở các cấp bậc khác nhau, địa phương khác nhau đến để giao lưu, bàn luận, chia sẻ kinh nghiệm thực tế của mình, từ đó hỗ trợ và giúp đỡ nhau tiến hành công tác này tốt hơn.