Trong quản lý thuế, bên cạnh các biện pháp mang tính chất cưỡng chế, răn đe như thanh tra, kiểm tra thì các biện pháp giáo dục, tuyên truyền nhằm nâng cao ý thức tuân thủ của người nộp thuế cũng đóng vai trò vô cùng quan trọng. Nghiên cứu kinh nghiệm của các nước cho thấy các nước rất chú trọng đến việc tuyên truyền, phổ biến chính sách pháp luật liên quan đến hoạt động TMĐT cho người nộp thuế như: thường xuyên tổ chức các buổi hội thảo nhằm cung cấp các kiến thức liên quan đến thuế trong lĩnh vực TMĐT cho NNT; tổ chức các cuộc họp với Hiệp hội kinh doanh TMĐT để thảo luận các vấn đề về thuế; cử các chuyên gia về thuế đến nói chuyện, trao đổi tại các hội thảo do Hiệp hội kinh doanh TMĐT tổ chức,...
Tại Việt Nam hiện nay, các chủ thể kinh doanh nhỏ lẻ tham gia vào các giao dịch TMĐT B2C và C2C với tốc độ phát triển rất nhanh, mặc dù giá trị mỗi giao dịch không lớn nhưng số lượng giao dịch nhiều và đa phần các đối tượng này không nhận thức đầy đủ hoặc cố tình không thực hiện nghĩa vụ thuế với nhà nước. Do đó, cơ quan thuế tại Việt Nam cần tập trung đến công tác tuyên truyền, giáo dục người nộp thuế bằng nhiều hình thức khác nhau để họ hiểu rõ và nghiêm chỉnh chấp hành hoạt động kinh doanh TMĐT của mình.
Ngoài ra, trong việc quản lý thuế đối với hoạt động TMĐT, ngành thuế cần cân nhắc để hài hòa giữa mục tiêu thu thuế và mục tiêu tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động TMĐT phát triển. Trong điều kiện ở Việt Nam hiện nay, khi TMĐT đang trên đà phát triển mạnh mẽ, ngành Thuế nói riêng và nhà nước nói chung cần quan tâm đến việc khuyến khích, thúc đẩy hơn nữa để tạo môi trường thuận lợi để hoạt động TMĐT phát triển. Ngoài ra CQT cần chủ động nâng cấp môi trường mạng để phục vụ cho những người nộp thuế kinh doanh TMĐT thực hiện nghĩa vụ thuế của mình với thủ tục nhanh chóng, đơn giản, tăng cường các phương pháp quản lý và
các giải pháp kỹ thuật về đăng ký thuế điện tử, khai và nộp thuế điện tử, khởi tạo hóa đơn trực tuyến, để tạo điều kiện cho tổ chức hoạt động TMĐT hoàn thành nghĩa vụ với Nhà nước của mình.