Để quản lý thuế đối với hoạt động kinh doanh TMĐT, Ngành thuế không thể làm một mình mà rất cần sự phối hợp, hợp tác với các cơ quan quản lý nhà nước khác như Ngân hàng Nhà nước, Bộ Công Thương, Bộ Thông tin và truyền thông, Bộ Công An, Bưu điện và các công ty viễn thông. Trách nhiệm của các Bộ ngành liên quan có thể kể đến như “Bộ Công Thương, nơi các doanh nghiệp đăng ký hoạt động kinh doanh”, cho nên cần có sự trao đổi thông tin để biết có bao nhiêu doanh nghiệp đăng ký hoạt động kinh doanh có hoạt động TMĐT. Trên cơ sở đó, cơ quan Thuế sẽ rà soát và xem doanh nghiệp đã đăng ký thuế hay chưa. Nơi cấp giấy phép hoạt động các trang web là Bộ Thông tin và Truyền thông kết hợp CQT để nắm bắt tình hình quản lý các website được cấp phép. Tiến hành thu thuế đối với các trang web phát sinh giao dịch TMĐT hay cung cấp dịch vụ quảng cáo trực tuyến. Về phía Ngân hàng Nhà nước cung cấp bảng sao kê tài khoản của các doanh nghiệp hoạt động TMĐT, “các tổ chức được cấp phép hoạt động cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán. Dữ liệu từ các công ty chuyển phát, công ty bưu chính, viễn thông... có cung cấp dịch vụ vận chuyển hàng hóa cho các doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh TMĐT cho biết số lượng hàng hóa vận chuyển của các doanh nghiệp đó”.... Sự phối kết hợp, cung cấp và trao đổi thông tin giữa CQT với các Bộ, ngành khác là hết sức quan trọng. Ngoài ra, Nhà nước cũng cần nghiên cứu để phát triển ra một phương thức chia sẻ dữ liệu thông tin điện tử liên đới giữa các Bộ ngành, giảm bớt gánh nặng về thủ tục hành chính và tiết kiệm thời gian.
Hơn nữa, về hợp tác quốc tế, CQT trong nước cần thực hiện đầy đủ chế độ trao đổi thông tin với CQT các quốc gia, vùng lãnh thổ đã ký kết Hiệp định tránh đánh thuế với Việt Nam, mà ở các quốc gia, vùng lãnh thổ này có các tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động kinh doanh TMĐT tại Việt Nam, để từ đó nắm bắt thông tin về doanh thu, thu nhập phát sinh tại Việt Nam; xác định nghĩa vụ thuế, ngăn ngừa hành vi gian lận, trốn thuế ở Việt Nam. Việc tăng cường chia sẻ thông tin và
đẩy mạnh hợp tác song phương, đa phương với cơ quan thuế các quốc gia khác không chỉ nhằm quản lý thuế tốt hơn đối với hoạt động TMĐT, hạn chế tình trạng gian lận, trốn thuế, mà góp phần tạo môi trường kinh doanh trong sạch, lành mạnh và bảo đảm công bằng đối với doanh nghiệp kinh doanh chân chính
3.2.6. Tích cực tuyên truyền, phổ biến các quy định về thuế đối với hoạtđộng TMĐT