Công tác kiểm tra và tự kiểm tra trước, trong và sau khi thanh toán vốn đầu tư XDCB đối với cơ quan KBNN cũng như với đơn vị sử dụng vốn đầu tư cũng là một yếu tố quan trọng góp phần nâng cao năng lực của bộ máy KSC; Qua công tác kiểm tra, kiểm soát nội bộ nhằm tổ chức đánh giá việc chấp hành chế độ, chính sách pháp luật về quản lý đầu tư XDCB; đánh giá việc chấp hành dự toán ngân sách trong đầu tư; ngăn ngừa, phát hiện và chấn chỉnh kịp thời những tồn tại, thiếu sót, chưa phù hợp, tìm ra
nguyên nhân, phương hướng và biện pháp khắc phục từ đó có kiến nghị với các cơ quan quản lý Nhà nước. Hoạt động kiểm tra và tự kiểm tra càng đảm bảo tính nghiêm túc, công bằng và được thực hiện một các thường xuyên sẽ góp phần nâng cao hiệu quả của công tác KSC đầu tư XDCB qua KBNN.
Quy chế về đầu tư XDCB liên tục được sửa đổi, bổ sung và thay thế. Chính phủ ban hành các Nghị định hướng dẫn Luật; Bộ Xây dựng ban hành các thông tư hướng dẫn thực hiện các Nghị định về đầu tư XDCB; Bộ Tài chính ban hành Thông tư hướng dẫn thực hiện quản lý, thanh toán vốn đầu tư trong lĩnh vực đầu tư XDCB; Kho bạc nhà nước ban hành các văn bản hướng dẫn quy trình nghiệp vụ thực hiện, KSC vốn đầu tư XDCB... Như vậy mỗi khi có có sửa đổi Nghị định của Chính phủ kéo theo các Bộ, Ngành, Địa phương liên quan phải thay đổi văn bản hướng dẫn. Mặt khác, Luật, Nghị định, Thông tư của ta chưa hướng dẫn chi tiết cụ thể đến từng mục do đó trong quá trình hướng dẫn còn chồng chéo và thiếu đồng bộ, nhiều nội dung không rõ ràng hoặc chưa được đề cập hết. Từ đó làm ảnh hưởng không nhỏ đến việc tổ chức thực hiện của các cơ quan cấp dưới, đặc biệt là các CĐT và cơ quan quản lý kiểm soát, thanh toán vốn đầu tư.