channel splicing variant Tim mạch
http://www.uniprot.org /uniprot/Q14524
75
Nhận xét chung về CSDL hệ protein huyết thanh người bệnh ĐTĐT2
Trong CSDL một số protein đã nhận dạng được chứng minh là có liên quan đến bệnh ĐTĐT2 gặp ở cả 3 hệ protein tổng thể, hệ protein bền nhiệt, và hệ glycoprotein của bệnh nhân ĐTĐT2 như ALMS1 protein, Alpha-1B-glycoprotein, Alpha2-HS glycoprotein, Alpha 2 macroglobulin variant, Apolipoprotein A-I, Complement component C3, Complement component 4, Gigaxonin, Haptoglobin, Insulin receptor substrate 1, Ryanodine receptor 2, Serine proteinase inhibitor, clade A... những protein này đều nhận dạng được trong cả huyết thanh bệnh nhân ĐTĐT2 và người bình thường nhưng mức độ biểu hiện có khác nhau (tăng hoặc giảm) ở mẫu bệnh. Đây là những protein cơ bản trong huyết thanh người, tuy nhiên có nhiều nghiên cứu đã chứng minh nồng độ của những protein này có sự biểu hiện bất thường trong huyết thanh bệnh ĐTĐT2 (Zhang R et al (2004), Zhang R et al (2005), Marianna S et al (2006), Rema M et al (1996), Wang Y et al (2005), Perz M et al (2001), Li X et al (2003), Perz M et al (2001), Fabiato A et al (1983)). Bằng phương pháp điện di hai chiều kết hợp khối phổ chúng tôi cũng đã chứng minh được một số trong chúng như: Apolipoprotein A-I, Alpha2-HS glycoprotein, haptoglobin cũng có sự biểu hiện bất thường ở bệnh ĐTĐT2 so với đối chứng là người bình thường.
Như chúng ta đã biết ĐTĐT2 là một bệnh chuyển hóa không lây nhiễm nhưng lại phát triển ngày càng nhanh và gây ra rất nhiều biến chứng nguy hiểm như: tim mạch, thận, mắt, thần kinh… nên việc dựđoán những biến chứng tiếp theo của bệnh trong suốt quá trình điều trị là rất quan trọng. Trong tổng số những protein nhận dạng được bằng phương pháp sắc ký lỏng hai chiều kết nối khối phổ chúng tôi cũng nhận diện được nhiều protein có liên quan đến một số bệnh chuyển hóa. Bên cạnh đó nhiều protein cũng được chứng minh là có liên quan đến hội chứng béo phì, hay bệnh dự trữ glycogen-một trong những yếu tố có thể dễ dẫn đến ĐTĐT2, đã được nhận diện trong huyết thanh của bệnh ĐTĐT2.
Phân tích so sánh về CSDL các hệ protein đã được thiết lập trên các mẫu bệnh nhân ĐTĐT2 và người bình thường về tỉ lệ các protein liên quan đến bệnh ĐTĐT2 và các bệnh chuyển hóa khác (Bảng 13) cho thấy tỉ lệ này có chiều hướng tăng ở trong huyết thanh bệnh nhân ĐTĐT2 ở cả ba hệ proten tổng thể, hệ protein bền nhiệt và hệ glycoprotein đã nghiên cứu, tuy nhiên mức độ tăng cũng không lớn chỉ từ chỉ từ 0 đến xấp xỉ 1%.
Đối với hệ protein tổng thể: Các protein liên quan đến bệnh ĐTĐT2: ở người bình thường có 17/3696 protein chiếm tỉ lệ 0,46%, còn ở người bệnh có 22/4044 protein chiếm tỉ lệ 0,54%.Các protein liên quan đến các bệnh chuyển hóa khác: 55/3696 protein ở người bình thường và 66/4044 protein ở người bệnh, tương ứng tỉ lệ 1,49% và 1,63%.
Đối với hệ protein bền nhiệt: Tỉ lệ các protein liên quan đến bệnh ĐTĐT2 là 1,08% ở người bình thường và 1,64% ở người bệnh. Tỉ lệ các protein liên quan đến các bệnh chuyển hóa khác là 2,16% ở người bình thường và 2,25% ở người bệnh.
Đối với hệ glycoprotein: Tỉ lệ các protein liên quan đến bệnh ĐTĐT2 là 0,78% ở người bình thường và 1,71% ở người bệnh. Tỉ lệ các protein liên quan đến các bệnh chuyển hóa
76
Bảng 13. So sánh tỉ lệ các protein liên quan đến bệnh ĐTĐT2 và tỷ lệ protein liên quan đến một số bệnh chuyển hóa khác giữa các cơ sở dữ liệu người bình thường và người bệnh
ĐTĐT2.
Các protein liên quan đến bệnh ĐTĐT2
Các protein liên quan đến một số bệnh chuyển hóa khác CSDL Đối tượng Số lượng protein Tổng số protein Tỷ lệ (%) Số lượng protein Tổng số protein Tỷ lệ (%) Người bình thường 17 3696 0.46% 55 3696 1.49% Hệ protein tổng thể Người bệnh ĐTĐT2 22 4044 0.54% 66 4044 1.63% Người bình thường 15 1386 1.08% 30 1386 2.16% Hệ protein bền nhiệt Người bệnh ĐTĐT2 18 1110 1.64% 25 1110 2.25% Người bình thường 3 385 0.78% 6 385 1.58% Hệ glycoprotein Người bệnh ĐTĐT2 8 468 1.71% 7 468 1.5%
1.4.3 Ngân hàng dữ liệu hệ protein huyết thanh bệnh nhân leukemia
Đối với trường hợp bệnh leukemia, chúng tôi đã xây dựng 2 Ngân hàng Dữ liệu của (i) hệ protein huyết thanh bệnh nhân leukemia thể cấp và (ii) hệ protein huyết thanh bệnh nhân leukemia thể mãn. Mỗi Ngân hàng Dữ liệu lại bao gồm 3 CSDL lần lượt là: hệ protein tổng thể, hệ protein bền nhiệt và hệ glycoprotein. Như vậy đối với bệnh leukemia chúng tôi đã xây dựng tổng số 6 CSDL khác nhau. CSDL các hệ protein trong huyết thanh bệnh nhân leukemia được xây dựng dựa trên việc phân tích, sàng lọc các kết quả nhận diện phổ khối bằng phần mềm Mascot v1.8. Các protein thu được được tìm kiếm thông tin trên Ngân
77 hàng CSDL protein UniproteKB (the Universal Protein Knowledge) với một số thông tin tương ứng gồm: số đăng ký gen GI (genInfo identifie Number), mã số trên CSDL UniprotKB, chức năng, vị trí, số vị trí glycosyl hóa, mối liên hệ với các trạng thái bệnh lý.
1.4.3.1. CSDL hệ protein huyết thanh bệnh nhân leukemia dạng cấp (n=22 mẫu)
1.4.3.1.1. CSDL hệ protein tổng thể trong mẫu huyết thanh người bệnh leukemia dạng cấp (22 mẫu, 3081 protein) cấp (22 mẫu, 3081 protein)
Có tổng số 3801 protein tổng thểđược nhận diện và sàng lọc trong 22 mẫu huyết thanh bệnh nhân leukemia cấp đã nghiên cứu, trong đó đáng chú ý có tới 162 protein có liên quan tới sự hình thành và phát triển của các trạng thái ung thư (các protein oncogen, proto- oncogen, tumor suppressor protein, …), chỉ có 14/162 protein cùng xuất hiện trong mẫu người bình thường, còn lại chỉ có ở mẫu bệnh. Tỷ lệ này cao hơn khá nhiều so với hệ protein tổng thể của người bình thường tương ứng (Phụ lục 7).
Trong số các protein được nhận diện có tới 36 protein dạng đột biến (Phụ lục 8), trong đó chủ yếu là các đột biến chuyển đoạn và chỉ có 6/36 protein cũng tìm thấy trong mẫu người bình thường. Đây là các protein có khả năng liên quan đến sự phát sinh và phát triển của bệnh leukemia, rất đáng được quan tâm nghiên cứu.
Bên cạnh đó, một số protein bệnh và các protein đã được chứng minh là có mối liên hệ với bệnh leukemia cũng được tìm thấy (Phụ lục 9) và chỉ có 6 protein trong số này cũng phát hiện được trong mẫu người bình thường.
1.4.3.1.2. CSDL hệ protein bền nhiệt trong mẫu huyết thanh người bệnh leukemia dạng cấp (22 mẫu, 2912 protein) cấp (22 mẫu, 2912 protein)
Có tổng số 2912 protein bền nhiệt được nhận diện trong 22 mẫu huyết thanh người bệnh leukemia cấp. So với CSDL hệ protein người bình thường gồm 1386 protein chúng tôi nhận thấy có sự phù hợp về các thành phần cơ bản trong huyết thanh, cũng như vị trí phân bố trong tế bào. Trong số 2912 protein bền nhiệt được nhận diện và sàng lọc này, đáng chú ý là có tới 135 protein có liên quan tới sự hình thành và phát triển của các trạng thái ung thư (các protein oncogen, proto-oncogen, tumor suppressor protein, …) (Phụ lục 10). Ngoài ra, trong số các protein được nhận diện, cũng có tới 37 protein dạng đột biến, trong đó chủ yếu là các đột biến chuyển đoạn. Đặc biệt chúng tôi nhận thấy có 32 protein chỉ xuất hiện trong mẫu bệnh mà không thấy có ở người bình thường (Phụ lục 8).
Đáng chú ý, 32 protein được chứng minh có mối liên hệ với các quá trình bệnh lý và bệnh leukemia thể cấp đã được nhận diện (Bảng 14).
Bảng 14. Các protein bền nhiệt có liên quan đến các quá trình bệnh lý và bệnh leukemia thể
cấp.
78