1.2.T ối ưu hóa các phương pháp xử lý và phân tích mẫu
1.4.1.1.CSDL hệ protein tổng thể trong mẫu huyết thanh người Việt Nam bình thường (30 mẫu, 3696 protein)
thường (30 mẫu, 3696 protein)
Huyết thanh là một proteome khá toàn diện, phản ánh tương đối đầy đủ và chính xác nhiều quá trình sinh lý diễn ra trong cơ thể. Nghiên cứu proteome huyết thanh người là một hướng đi đầy triển vọng nhưng cũng gặp phải không ít thách thức. Trở ngại lớn nhất trong lĩnh vực nghiên cứu proteome huyết thanh không chỉở số lượng rất lớn của protein có mặt (khoảng hơn 10.000 loại), mà còn là tỷ lệ rất khác nhau của chúng (Liu X et al, 2007; Shen Y et al, 2005). Các kỹ thuật phân tách bằng phương pháp điện di 2DE truyền thống đã bộc lộ những hạn chế nhất định khi phân tích hệ protein phức tạp như huyết thanh. Trong khuôn khổ đề tài, chúng tôi đã thiết lập được hệ thống sắc ký lỏng nano đa chiều kết nối
67 khối phổ, cho phép phân tích cùng một lúc các mẫu protein phức tạp với hàng ngàn protein. Tổng hợp từ 30 mẫu protein huyết thanh người bình thường, chúng tôi xây dựng được cơ sở dữ liệu với 3696 protein được nhận diện. Các protein được phát hiện và nhận diện có sự phù hợp về hầu hết các thành phần cơ bản trong huyết thanh, từ các loại protein lưu chuyển chung nhất, đến các tác nhân đông máu, bổ thể, các protein gắn kết, vận chuyển, các loại enzyme, các loại protease và chất ức chế protease, các loại cytokine, các protein thụ thể... như đã được mô tả gần đây bằng các kỹ thuật tương tự (Anderson NL et al, 2004; Shen Y et al, 2005). Đây là CSDL đầu tiên được xây dựng một cách có hệ thống về hệ protein huyết thanh người Việt Nam. Các nghiên cứu mới nhất trên thế giới đã công bố năm 2009 cho thấy có khoảng 5000 protein đã được nhận diện trong huyết thanh (Omenn GS et al, 2009). Bên cạnh đó, trên http://www.plasmaproteomedatabase.org/ đã
đưa ra 7518 protein và các isoform trong huyết thanh người, trong đó có 5234 protein biến
68
Hình 44. Hình ảnh trang Web về các cơ sở dữ liệu hệ protein huyết thanh người Việt Nam
được xây dựng bởi đề tài.