1.2.T ối ưu hóa các phương pháp xử lý và phân tích mẫu
1.4.1.2. CSDL protein bền nhiệt trong mẫu huyết thanh người Việt Nam bình thường (30 mẫu, 1386 protein)
(30 mẫu, 1386 protein)
Trong tổng số 30 mẫu nghiên cứu đã thu nhận được 1386 protein bền nhiệt. Những protein này cũng là thành phần cơ bản trong huyết thanh như phân bổ trong màng tế bào, trong nhân, trong matrix ngoại bào… cũng nhưđóng vai trò trong các hoạt động, chức năng sống như miễn dịch, enzyme, bổ thể…
So sánh giữa các CSDL hệ protein bền nhiệt được xây dựng từ các mẫu người bình thường (1386 protein) với CSDL bệnh nhân ĐTĐT2 (1110 protein), CSDL mẫu bệnh nhân leukemia mãn (1489 protein) và cấp (2912 protein), chúng tôi nhận thấy có sự phù hợp về số lượng, thành phần cũng như những biến đổi sau quá trình phiên mã. Đặc biệt, nhiều protein được chứng minh có liên quan đến các trạng thái bệnh lý nói trên không xuất hiện trong cơ sở hệ protein bền nhiệt ở người bình thường như trong mẫu huyết thanh bệnh nhân ĐTĐT2 chúng tôi đã nhận diện được: 51C protein, Interleukin 1 receptor accessory protein isoform, laminin subunit alpha-2 precursor..., trong mẫu leukemia nhiều protein cũng được tìm thấy như: antitrypsin alpha1 mutant, MLL-AF4 der(11) fusion protein, epithelial cell transforming sequence 2 oncogene protein… Tuy nhiên trong CSDL hệ protein huyết thanh người bình thường chúng tôi cũng nhận thấy có một số protein liên quan đến bệnh ĐTĐT2 nhưng chỉ xuất hiện trong mẫu người bình thường mà không có trong các mẫu bệnh như: RNA helicase- DEAD box protein RH 116, ectonucleotide pyrophosphatase/ phosphodiesterase 1, PC1/PC3, BBS4…. Có thểđây là những protein có
69 mức độ biểu hiện thay đổi trong những điều kiện nhất định, có đường hướng biến đổi phức tạp, tuy nhiên cũng là cơ sở gợi ý cho những hướng nghiên cứu khác nhau nhằm tìm ra những chỉ thịđặc hiệu.
Có thể thấy CSDL hệ protein bền nhiệt trong huyết thanh người bình thường khá đầy đủ, toàn diện và là dữ liệu quan trọng để so sánh, phân biệt với các cơ sở khác nhằm tìm kiếm những ứng viên protein chỉ thị sự xuất hiện bệnh lý.
Hình 45. Hình ảnh minh họa CSDL hệ protein huyết thanh tổng thể người bình thường. 1.4.1.3. CSDL hệ glycoprotein trong mẫu huyết thanh người Việt Nam bình thường (30 mẫu, 385 protein)
Sự thay đổi mức độ biểu hiện của các glycoprotein huyết thanh phản ánh tương đối đầy đủ tình trạng bệnh lý ở các cơ quan và các mô khác nhau (Anderson NL, Anderson NG, 1998). Ngày nay, với sự phát triển của các kỹ thuật proteomics, các nghiên cứu nhận dạng hệ protein cũng như hệ glycoprotein đã được triển khai và các kết quả thu được ngày càng lớn. Bằng kỹ thuật sắc ký ái lực ái lực conA kết hợp phân tích LC-MALDI, Sparbier K và cộng sự năm 2007 đã nhận diện được 193 protein trong đó có 124 protein đã biết vị trí glycosyl hóa (Sparbier K et al, 2007). Hiện nay, GlycoSuiteDB là cơ sở dữ liệu đầy đủ nhất về hệ glycoprotein với các glycoprotein được nhận diện từ hơn 600 mẫu sinh học tách từ hơn 160 loài sinh vật khác nhau. Cơ sở dữ liệu này được cập nhật 2 lần mỗi năm và trong phiên bản cập nhật mới nhất, đã có 3813 trình tựđược phát hiện ở người từ hơn 700 công trình nghiên cứu khác nhau trên thế giới. Hiện nay, cơ sở dữ liệu GlycoSuiteDB bao gồm chủ yếu là các O-linked glycoprotein được cập nhật từ những năm 1950 và các N- linked glycoprotein cập nhật chủ yếu trong giai đoạn từ năm 1990 trở lại đây. Có 2575 cấu
70 trúc glycans duy nhất (unique glycan structures) trong cơ sở dữ liệu trong đó có 1630 cấu trúc đã được phân tích và tìm hiểu đầy đủ (871 N-linked, 689 O-linked và 70 cấu trúc loại khác). Tất cả các glycoprotein trong cơ sở dữ liệu đều được liên kết với cơ sở dữ liệu protein chuẩn SWISS-PROT.
Trong nghiên cứu của chúng tôi trên tổng số 30 mẫu nghiên cứu đã nhận diện được 385 glycoprotein trong huyết thanh người bình thường. Đây cũng là CSDL về hệ glycoprotein huyết thanh người Việt Nám đầu tiên được xây dựng một cách có hệ thống, có thể sử dụng để so sánh, phân tích, tìm hiểu những protein có những biểu hiện khác nhau trong các đối tượng nghiên cứu. Cùng với các CSDL hệ protein tổng thể, bền nhiệt trong huyết thanh người bình thường, CSDL hệ glycoprotein là một hệ thống đối chứng tổng quan, nhằm tìm kiếm những protein đặc biệt có ý nghĩa trong nghiên cứu bệnh ĐTĐT2 và leukemia.