Tại BQLCDA, Tổ kiểm soát nội bộ và Ban thanh tra pháp chế, Phòng Phát triển & Quản lý dự án có nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ sau khi kết thúc gói thầu và định kỳ 6 tháng. Phòng PT&QLDA có trách nhiệm cung cấp đầy đủ hồ sơ. Nội dung kiểm tra: tính tuân thủ các bƣớc thực hiện quy trình lựa chọn nhà thầu, tính chính xác và logic của nội dung văn bản. Sản phẩm của quá trình kiểm tra là một bộ hồ sơ đầy đủ từ bƣớc phê duyệt dự án đến lựa chọn nhà thầu, biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng.
Hàng năm, công tác kiểm tra, giám sát công tác đấu thầu đƣợc thực hiện định kỳ, đồng thời với công tác thẩm tra phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành do Ban Kế hoạch Tài chính (KHTC) ĐHQGHN thực hiện. Ban KHTC tiến hành kiểm tra toàn bộ quy trình của dự án từ bƣớc phê duyệt dự án, phê duyệt dự toán, tổ chức lựa chọn nhà thầu đến khi dự án kết thúc quyết toán dự án hoàn thành.
Theo định kỳ hai năm một lần đoàn kiểm tra Kiểm toán nhà nƣớc tiến hành kiểm tra việc triển khai, thực hiện các dự án trong đó có kiểm tra công tác đấu thầu. Ngoài ra, trong những trƣờng hợp cần thiết Thanh tra chính phủ s tiến hành thanh tra toàn bộ tình hình thực tế tại Ban, thanh tra công tác đấu thầu.
Kiểm tra việc lập HSMT, HSYC tuân thủ các mẫu hồ sơ theo quy định, đánh giá hồ sơ dự thầu, kiểm tra thời gian thực hiện, quy trình lựa chọn nhà thầu Ban thực hiện so với quy định…
Trong giai đoạn từ 2015-2018, cơ quan Kiểm toán Nhà nƣớc tiến hành kiểm toán Ban Quản lý các dự án ĐHQGHN vào năm 2015 và năm 2017. Năm 2016 theo đề nghị của ĐHQGHN, Thanh tra nhà nƣớc tiến hành thanh tra ĐHQGHN trong đó có Ban Quản lý các dự án. Theo đó Thanh tra nhà nƣớc thanh
tra các công việc trong giai đoạn 2014 - 2016. Việc các cơ quan chức năng thực hiện thanh tra, kiểm toán s giúp cho ĐHQGHN nói chung và Ban Quản lý các dự án nói riêng kịp thời phát hiện và xử lý các vấn đề chƣa tốt trong công việc, từ đó có biện pháp giải quyết tức thời, chủ động trong công việc.
Căn cứ biên bản kiểm toán việc quản lý, sử dụng vốn đầu tƣ xây dựng cơ bản năm 2017 của Ban Quản lý các dự án ĐHQGHN, Kiểm toán nhà nƣớc kiểm toán công tác thực hiện đấu thầu theo Luật đấu thầu có kết quả về thủ tục đấu thầu: về cơ bản, BQLCDA đã thực hiện đúng các quy định liên quan.
Công tác kiểm tra, đánh giá của các ban ngành trong giai đoạn 2015- 2018, Ban Quản lý các dự án ĐHQGHN đƣợc đánh giá tuân thủ đúng các quy định của pháp luật về lựa chọn nhà thầu, qua kiểm tra chƣa phát hiện các sai phạm trong công tác đấu thầu.
Định kỳ 01 năm, các tài liệu để giám sát quá trình đấu thầu đƣợc Ban Quản lý các dự án đóng quyển gọn gàng, lƣu trữ cẩn thận, dễ tìm để phục vụ các đoàn kiểm tra. Nội dung kiểm tra bao gồm hồ sơ pháp lý của dự án, kế hoạch lựa chọn nhà thầu, các mẫu chuẩn tài liệu đấu thầu, biên bản các loại, tờ trình, hợp đồng, biên bản thanh lý hợp đồng, hoá đơn, chứng từ, kết quả kiểm toán độc lập hàng năm…