Các mẫu thu thập được phân lập theo phương pháp của Kobayashi [24], Samson và cộng sự [45].
- Tạo các khuẩn lạc riêng rẽ từ các mẫu ban đầu: Mẫu nấm thu về được cắt thành miếng và đặt lên đĩa môi trường PDA, nuôi ở 250C trong 5 đến 7 ngày. Quan sát thấy trên đĩa có nấm và có thể có các vi sinh vật khác mọc lên. Dùng que cấy chuyển phần nấm không nhiễm từ đĩa vừa nuôi cấy sang đĩa khác, tiếp tục nuôi ở điều kiện và thời gian trên, để tạo ra được các khuẩn lạc riêng rẽ.
- Hòa tan 0,1 mm mẫu nấm từ đĩa petri trong 1 ml nước cất, hút 100µl dịch vào ống eppendorf chứa 1ml nước cất và đảo đều.
- Hút 10 µl cho lên đĩa môi trường PDA và ria theo chiều ngang 1/3 đĩa, xoay ngang ria vuông góc với lần ria trước hoặc ria theo bốn góc thành hình tam giác. Nuôi các đĩa nấm ở 250
C trong 7 ngày.
- Tách khuẩn lạc và tiếp tục nuôi trên các đĩa môi trường PDA nhằm thu được chủng thuần khiết.
- Quan sát sự sinh trưởng của vi nấm qua vết cấy trên môi trường PDA, giữ lại các mẫu nấm có bề mặt và màu sắc đồng đều, thuần nhất.
Phương pháp tuyển chọn chủng nấm (dựa vào sinh trưởng phát triển của hệ sợi, khả năng sinh bào tử và sinh thể quả của chủng đã phân lập): Nuôi mẫu đã được phân lập trên môi trường gạo, nuôi tại nhiệt độ 250
C, có chiếu sáng, quan sát sự hình thành thể quả của các chủng. Chủng có khả năng sinh trưởng, phát triển, tạo thể quả tốt sẽ được lựa chọn cho các nghiên cứu tiếp theo.