Chọn mẫu hệ thống là cách chọn sao cho chọn được các phần tử trong tổng thể có khoảng cách đều nhau gọi là khoảng cách mẫu (k). Khoảng cách mẫu này được tính bằng cách lấy kích cỡ tổng thể chia cho kích cỡ mẫu.
Ví dụ, nếu tổng thể có kích cỡ N = 2499 đơn vị và cỡ mẫu cần chọn n =200 thì khoảng cách mẫu (k) sẽ được tính như sau:
K = N/n = 2112/200= 10,56 (làm tròn thành 10, bởi vì thông thường phải làm tròn xuống để có thể chọn đủ số phần tử mẫu theo yêu cầu).
Đơn vị mẫu đầu tiên được chọn một cách ngẫu nhiên trong khoảng từ phần tử đầu tiên trong tổng thể đến phần tử cách khoảng cách mẫu một vị trí. Các đơn vị mẫu kế tiếp được xác định bằng cách cộng đơn vị mẫu đầu tiên với khoảng cách mẫu.
Giả sử trong ví dụ trên chúng ta chọn mẫu ngẫu nhiên được điểm xuất phát là 10 thì các đơn vị mẫu kế tiếp theo sẽ là: 20,30,40,… cho đến khi đủ 200 đơn vị mẫu sẽ là: 200.
Nguyên tắc của phương pháp này là kể từ một điểm xuất phát ngẫu nhiên được chọn sẽ lựa chọn các phần tử cách nhau một khoảng cách cố định. Đơn vị mẫu đầu tiên được chọn ngẫu nhiên nên mối đơn vị tổng thể ban đầu có cơ hội được chọn ngang nhau. Tuy nhiên, sau khi đơn vị mẫu đầu tiên được chọn, mỗi đơn vị về sau lại không có cơ hội như nhau để được chọn vào mẫu.
Ưu điểm chủ yếu cảu chọn mẫu hệ thống là đơn giản, dễ làm, dễ sử dụng. Tuy nhiên, kiểm toán viên cần tránh thiên vị trong lựa chọn. Để tăng tính đại diện của mẫu, kiểm toán viên sắp xếp tổng thể theo một thứ tự ngẫu nhiên. Dùng nhiều điểm xuất phát cũng là một cách tốt để hạn chế nhược điểm của cách chọn này. Kinh nghiệm chỉ ra rằng khi ứng dụng phương pháp
chọn mẫu hệ thống thì cần phải sử dụng ít nhất 5 điểm xuất phát. Khi sử dụng nhiều điểm xuất thì khoảng cách mẫu phải được điều chỉnh bằng cách lấy khoảng cách mẫu hiện tại nhân với số điểm ngẫu nhiên cần thiết.