Dự án LIFSAP tỉnh Hưng Yên được tổ chức chỉ đạo và triển khai thống nhất từ tỉnh đến các cấp chính quyền địa phương, cụ thể như sau:
- Ban Chỉ đạo Trung ương: Bộ Nông nghiệp và PTNT chịu trách nhiệm thành lập Ban Chỉ đạo Trung ương để hướng dẫn về chủ trương chính sách và theo dõi tổng thể việc triển khai dự án. Ban Chỉ đạo Trung ương do Bộ NN&PTNT làm trưởng ban cùng đại diện của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài Chính, Bộ Tài nguyên và Môi trường và đại diện một số tỉnh trong vùng dự án.
- Ban Quản lý Dự án Trung ương (PCU). Một PCU thuộc Ban quản lý các dự án Nông nghiệp sẽ do Bộ Nông nghiệp và PTNT thành lập, chịu trách nhiệm điều phối và lập kế hoạch tổng thể cho dự án, quản lý đấu thầu và tài chính, thực hiện giám sát và đánh giá. Nhân sự của PCU sẽ do các đơn vị chức năng của Bộ NN&PTNT bổ nhiệm bao gồm giám cả giám đốc dự án và các cán bộ kỹ thuật. Nhân sự bổ sung về mua sắm, quản lý tài chính, giám sát đánh giá sẽ được tuyển thêm. PCU sẽ phối hợp với Cục Chăn nuôi và Cục Thú y để thường xuyên chỉ đạo kỹ thuật cho các.
- Ban chỉ đạo dự án tỉnh Hưng Yên gồm 8 thành viên: Phó Chủ tịch UBND tỉnh là trưởng ban, Lãnh đạo Sở Nông nghiệp - PTNT là phó ban thường trực, các Ủy viên là lãnh đạo các Sở: Tài Nguyên và Môi trường, Công thương, Y tế, Kế hoạch đầu tư, Tài chính.
- Ban quản lý Dự án tỉnh gồm 16 người, trong đó: Ban Giám đốc 2 người: (Giám đốc và 01 Phó Giám đốc) và 14 cán bộ, nhân viên; Cán bộ kiêm nhiệm: 09 người, cán bộ chuyên trách:6 người; Cán bộ là lãnh đạo và công chức viên chức thuộc Sở và các đơn vị trực thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT: 14 người; Cán bộ hợp đồng: 2 người.
- Các huyện trong tỉnh không thành lập Tổ công tác dự án chỉ có 01 cán bộ phòng NN-PTNT theo dõi dự án.
- Ban Quản lý dự án LIFSAP ký hợp đồng với 04 cán bộ phụ trách Vùng GAHP (Cán bộ cải thiện điều kiện thú y Vùng GAHP);
- Ban Quản lý dự án LIFSAP tỉnh Hưng Yên không tuyển Tư vấn.