Phần 4 Kết quả và thảo luận
4.2. Sàng lọc và nghiên cứu một số đặc điểm sinh học của một số chủng
4.2.3. Định danh chủng xạ khuẩn 38
Để định danh chủng xạ khuẩn nghiên cứu này, tôi sử dụng phương pháp sinh học phân tử dựa trên độ tương đồng của đoạn gen 16S rRNA của chủng này với các chủng xạ khuẩn trên ngân hàng gene. Sử dụng cặp mồi 27F và 1492R để
khuếch đại gen 16S rDNA của chủng. Mẫu DNA đã khuếch đại được gửi đi tinh sạch và giải trình tự gen 16S rRNA. Kết quả thu được đoạn trình tự các nucleotide, đoạn trình tự này được sử dụng để đưa vào công cụ Blast trên GenBank để xác định các trình tự tương đồng. Sản phẩm PCR được tinh sạch và giải trình tự tại cơng ty 1st BASE (Singapore). Sau khi nhận được trình tự, tiến hành so sánh trình tự thu được với các trình tự khác trên ngân hàng gen nhờ công cụ blast, xây dựng cây phân loại cho chủng 38 bằng phần mềm MEGA7. Kết quả được thể hiện ở hình 4.13.
Hình 4.13. Cây phân loại của chủng 38 được xây dựng bằng phần mềm MEGA7
Dựa vào cây phân loại này có thể thấy chủng xạ khuẩn 38 nằm cùng nhánh với chủng Sreptomyces mutabilis với giá trị bootstrap là 96. Bên cạnh đó kết quả căn trình tự nucleotide cho thấy mức độ tương đồng của 16S rRNA của hai chủng là 99%. Xét về mặt giá trị tin cậy và mức độ tương đồng thì hai chủng này giống nhau. Ngồi ra các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa đã nghiên cứu, nhận thấy chủng xạ khuẩn 38 có nhiều đặc điểm giống với chủng Sreptomyces mutabilis trên ngân hàng gen.
Chính vì vậy, kết hợp các đặc điểm sinh học và phương pháp sinh học
Streptomyces mutabilis 38
Streptomyces minutiscleroticus Streptomyces rochei strain BK7 Streptomyces enissocaesilis strain Y18 Streptomyces rochei strain LN204 Streptomyces plicatus
Streptomyces maritimus
Streptomyces fungicidicus strain A1 Streptomyces enissocaesilis strain JJ143 Streptomyces rochei strain SCSIO ZJ89 Streptomyces rochei strain SCOS
96 83 65 6 6 6 5 1 1
phân tử, chúng tơi đưa ra kết luận chủng 38 có quan hệ họ hàng gần gũi với lồi
Sreptomyces mutabilis và chúng tôi đặt tên cho chủng này là Sreptomyces
mutabilis 38.