Phần 4 Kết quả và thảo luận
4.2. Sàng lọc và nghiên cứu một số đặc điểm sinh học của một số chủng
4.2.5. Định danh 2 chủng vi khuẩn VK1 và VK2
Để định danh các chủng vi khuẩn nghiên cứu này, tôi sử dụng phương pháp sinh học phân tử dựa trên độ tương đồng của đoạn gen 16S rRNA của chủng này với các chủng xạ khuẩn trên ngân hàng gene. Sử dụng cặp mồi 27F và 1492R để khuếch đại gen 16S rDNA của chủng. Mẫu DNA đã khuếch đại được gửi đi tinh sạch và giải trình tự gen 16S rRNA. Kết quả thu được đoạn trình tự các nucleotide, đoạn trình tự này được sử dụng để đưa vào công cụ Blast trên GenBank để xác định các trình tự tương đồng. Sản phẩm PCR được tinh sạch và giải trình tự tại cơng ty 1st BASE (Singapore). Sau khi nhận được trình tự, tiến hành so sánh trình tự thu được với các trình tự khác trên ngân hàng gen nhờ cơng cụ blast, xây dựng cây phân loại cho 2 chủng VK1 và VK2 bằng phần mềm MEGA7. Kết quả được thể hiện ở hình 4.18 và 4.19.
Hình 4.18. Cây phân loại của chủng VK1 được xây dựng bằng phần mềm MEGA7
Dựa vào cây phân loại này có thể thấy chủng vi khuẩn VK1 nằm cùng nhánh với chủvới giá trị bootstrap 100. Bên cạnh đó kết quả căn trình tự nucleotide cho thấy mức độ tương đồng của 16S rRNA của hai chủng là 100%. Chủng VK2 nằm cùng nhánh với chủng Bacilllus velezensis với giá trị bootstrap là 42. Bên cạnh đó kết quả căn trình tự nucleotide cho thấy mức độ tương đồng của 16S rRNA của hai chủng là 98,87%. Xét về mặt giá trị tin cậy và mức độ tương đồng thì hai chủng này giống nhau. Ngồi ra các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa đã nghiên cứu, nhận thấy chủng vi khuẩn VK2 có nhiều đặc điểm giống với chủng Bacilllus velezensis trên ngân hàng gen.
Pseudomonas aeruginosa BAMCPA07-48 VK1
Pseudomonas aeruginosa LX Pseudomonas aeruginosa DAP38 Pseudomonas aeruginosa MSB1 Pseudomonas aeruginosa FDAARGOS Pseudomonas aeruginosa PABL048 Pseudomonas aeruginosa PA-VAP-1 Pseudomonas aeruginosa GIMC5001 Pseudomonas aeruginosa PaKu8 Pseudomonas aeruginosa RTAC13 Pseudomonas aeruginosa B14130 100 29 55 8 8 7 6 1 1
Hình 4.19. Cây phân loại của chủng VK2 được xây dựng
bằng phần mềm MEGA7
Chính vì vậy, kết hợp các đặc điểm sinh học và phương pháp sinh học phân tử, chúng tôi đưa ra kết luận chủng VK2 có quan hệ họ hàng gần gũi với loài Bacilllus velezensis và chúng tôi đặt tên cho chủng này là Bacilllus velezensis VK2.