Việc phân cấp chưa rõ ràng, cụ thể dẫn đến chồng chéo trong quản lý nhiều cơ quan cùng quản lý 1 cơ sở, cùng 1 lúc tiến hành thanh tra, kiểm tra, cấp phép đã gây khó khăn, tạo áp lực cho cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm.
Sự phối hợp giữa các ngành còn mang tính bị động, chưa có quy chế phối hợp, chưa có kế hoạch chủ động phối hợp, sự phối hợp không thường xuyên, liên tục. Sở Y tế là cơ quan thường trực của BCĐ liên ngành về ATTP, chịu trách nhiệm trước UBND tỉnh về sự thống nhất quản lý nhà nước. Tuy nhiên, Sở Công Thương và Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan ngang cấp, nên khi có sự cố mất an toàn vệ sinh thực phẩm xảy ra trên địa bàn, Sở Y tế phải báo cáo UBND tỉnh đề nghị UBND chỉ đạo sự phối hợp của các ngành liên quan, như vậy sẽ gây mất thời gian trong việc giải quyết những vấn đề cấp bách cần phải giải quyết ngay.
Chi cục QLTT tỉnh trực thuộc Sở Công Thương quản lý, các Đội QLTT hoạt động dưới sự chỉ đạo của Chi cục QLTT. Tuy nhiên quá trình phối hợp còn lúng túng, chưa thống nhất cao, việc trao đổi thông tin, tình hình hoạt động còn thụ động… Do vậy, trong thời gian tới, các Chi cục QLTT nói chung và Chi cục QLTT tỉnh Thái Nguyên nói riêng cần tăng cường, nâng cao ý thức trách nhiệm, sự đồng thuận trong công tác phối hợp khi có yêu cầu.
Cần có sự phối hợp giữa UBND tỉnh Thái Nguyên với UBND tỉnh Bắc Kạn, Vĩnh Phúc, Tuyên Quang, Lạng Sơn, Bắc Giang, thành phố Hà Nội. Đây là các tỉnh, thành có đơn vị hành chính lãnh thổ tiếp giáp với tỉnh Thái Nguyên. Việc phối hợp giữa các tỉnh, thành trong quản lý an toàn vệ sinh thực phẩm phải được xây dựng, hình thành trên cơ sở các cam kết (được thỏa thuận và ký kết với nhau) nhằm hạn chế việc chia cắt bởi giới hạn phạm vi đơn vị hành chính lãnh thổ trong thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý an toàn vệ sinh thực phẩm.
Các Chi cục QLTT, đặc biệt là các Đội QLTT ở các địa bàn giáp ranh cần xây dựng phương án kiểm tra, kiểm soát thị trường có trọng tâm, trọng điểm theo từng thời điểm; phối hợp theo dõi, kiểm tra các đối tượng vận chuyển, kinh doanh hàng hóa nhập lậu, hàng giả, hàng cấm trên các tuyến quốc lộ liên tỉnh. Chi cục Quản lý thị trường cần chỉ đạo các phòng, Đội Quản lý thị trường tổ chức tuyên truyền, phổ biến pháp luật một cách đồng bộ, có trọng tâm, trọng điểm, đa dạng về hình thức, sử dụng những cách tiếp cận mới, tổ chức cho các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm thực hiện ký cam kết không kinh doanh thực phẩm nhập lậu, thực phẩm giả, thực phẩm không đảm bảo ATTP, đồng thời phối hợp với Đài phát thanh truyền hình tỉnh Thái Nguyên trong hoạt động hướng dẫn, khuyến cáo người tiêu dùng phân biệt hàng thật, hàng giả, hàng kém chất lượng, hàng không đảm bảo ATTP. Kết hợp công tác kiểm tra, kiểm soát đã hướng dẫn
cho các cơ sở sản xuất, kinh doanh mặt hàng trong 6 nhóm mặt hàng thuộc trách nhiệm quản lý của Bộ Công Thương, để xin cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện vệ sinh ATTP và Giấy xác nhận tập huấn kiến thức vệ sinh ATTP (đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh thuộc diện phải cấp).