4.2.2.1. Nhân lực
Một bộ phận cán bộ, công chức còn chưa kịp đáp ứng và theo kịp yêu cầu thực hiện nhiệm vụ, đặc biệt là đối với một số lĩnh vực nghiệp vụ khó, phức tạp như: Thu thập xử lý thông tin nghiệp vụ hải quan, quản lý rủi ro, kiểm tra xuất xứ hàng hóa, xác định trị giá, kiểm tra tại doanh nghiệp ... Những yếu kém bọc lộ trước tiên là khâu kiểm tra xuất xứ. Tại nhiều đơn vị cán bộ công chức hải quan còn hạn chế về kiến thức liên quan đến xuất xứ hàng hóa nên mắt lỗi rất sơ đẳng, như trên nhãn hiệu, bao bì sản phẩm hiện xuất xứ của một nước, nhưng C/O lại lại xác định xuất xứ của một nước khác. Có trường hợp do hạn chế về hiểu biết của cán bộ công chức hải quan về mặt hàng, công nghệ sản xuất nên không thể phát hiện được các nghi vấn về hàm lượng trị giá của thép lá cán nguội chủ yếu được hình thành từ nguyên liệu và ở công đoạn cán nóng. Yếu kém nữa trong khâu kiểm hóa hải quan là vấn đề nắm vững chính sách, pháp luật của cán bộ công chức hải quan trong lĩnh vực ưu đãi đầu tư, các khái niệm như linh kiện; nguyên liệu; vật tư đôi khi cán bộ công chức hải quan áp dụng miễn thuế chưa chính xác trong các trường hợp này, hay trong công tác kiểm tra và tham vấn xác định trị giá, do kiến thức của cán bộ công chức thừ hành còn hạn chế nên công tác này lại hiệu quả chưa cao dẫn đến áp lực đối với áp dụng biện pháp nghiệp vụ kiểm tra sau thông quan, do hàng hóa đã lưu thông trên thị trường ...
Chưa có chế độ, chính sách cụ thể đối với cán bộ, công chức thuộc lực lượng kiểm soát hải quan, thực tế này phần nào ảnh hưởng tới hiệu quả nghiệp vụ trong đó có công tác chống buôn lậu và gian lận thương mại.
Còn xẩy ra hiện tượng cán bộ công chức hải quan vi phạm kỷ luật, tiêu cực, tham nhũng, tiếp tay cho các hoạt động buôn lậu, gian lận thương mại gây ảnh hưởng xấu tới uy tín của ngành hải quan.
4.2.2.2. Cơ sở vật chất
Các điều kiện về trang thiết bị, cơ sở vật chất, hạ tầng nói chung và phục vụ công tác phòng chống buôn lậu nói riêng còn nhiều hạn chế:
- Các trang thiết bị kỹ thuật chuyên dùng, công cụ hỗ trợ cho công tác đấu tranh chống buôn lậu vừa thiếu, vừa yếu. Phần lớn đã lạc hậu về kỹ thuật.
- Phương tiện xe máy đang được trang bị cho hoạt động phòng chống buôn lậu có phân khối thấp, trong khi đó đối tượng buôn lậu thường sử dụng
những loại xe máy có phân khối cao để chuyên trở hàng lậu, nên không đảm bảo được yêu cầu công tác phòng chống buôn lậu.