5.2.1.1. Đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính
Thủ tục hành chính là một trong các công cụ để quản lý, kiểm tra, kiểm soát hoạt động xuất nhập khẩu, hoạt động lưu thông hàng hoá trong và ngoài nước. Tuy nhiên các thủ tục hiện nay còn rườm rà, phức tạp, người kinh doanh phải làm rất nhiều thủ tục khác nhau, làm mất thời gian, công sức, tiền bạc và thậm trí cả cơ hội kinh doanh của họ. Từ đó gây khó khăn cho hoạt động đầu tư dẫn đến tình trạng gian lận trốn thuế. Điều này đòi hỏi các thủ tục phải được tinh giản đi nhưng vẫn phải đảm bảo sự quản lý của Nhà nước, chống được buôn lậu và gian lận thương mại, đảm bảo thu đúng, thu đủ các khoản thuế tạo nguồn thu cho ngân sách nhà nước đồng thời bảo vệ được sản xuất trong nước và người tiêu dùng, không gây phiền hà, ách tắc trong lưu thông, trong tiến trình hội nhập thương mại vào khu vực và thế giới. Đổi mới cả về quy trình nghiệp vụ, tổ chức quản lý các giấy tờ, rà soát lại các văn bản các quy định về hệ thống lại theo hướng đơn giản, hài hoà, thống nhất và dễ hiểu, dễ thực hiện. Áp dụng trang thiết bị máy móc hiện đại vào việc tổ chức, kiểm tra kiểm soát, lưu trữ các tài liệu văn bản, tính thuế thống kê hàng hoá XNK, tra mã...làm cho các thủ tục được giải quyết nhanh chóng và có hiệu quả, đảm bảo được tính trung thực khách quan. Việc áp dụng này đòi hỏi phải có nguồn kinh phí lớn để đầu tư cho trang thiết bị máy móc, đào tạo cán bộ nghiệp vụ có kỹ thuật sử dụng, thông thạo ngôn ngữ máy.
Các công tác kiểm dịch hàng hoá cũng được tinh giản, cần có một cơ quan giám định hàng hoá, chứng nhận thì hải quan có thể thông qua thay vì phải thông qua 3 hay 4 cơ quan giám định như trước.
5.2.1.2. Kiểm tra sau thông quan
Kiểm tra sau thông quan là một khâu kiểm tra lại để thực hiện kiểm tra thẩm định tính trung thực của các nội dung khai báo và tính thuế của người làm thủ tục hải quan đối với lô hàng xuất nhập khẩu đã được giải phóng nhằm thu đúng, thu đủ thuế cho ngân sách nhà nước, bảo vệ quyền lợi và lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân có liên quan. Hàng hoá đã được đưa vào lưu thông nhưng vẫn phải được rà soát lại. Các thủ tục, việc kiểm tra sau thông quan chỉ có thể thực hiện tốt hơn trên cơ sở các số liệu, tài liệu được ghi chép đầy đủ. Nhưng trên thực tế thì những tài liệu này chưa được nghi chép và lưu trữ một cách cẩn thận, dó đó phải được chấn chính và sắp xếp đảm bảo cho công tác kiểm tra sau thông quan được thực hiện nhanh chóng, ngăn chặn việc để cho các gian thương lọt lưới... Việc kiểm tra sau thông quan giúp ngăn chặn tình trạng khai tăng, khai giảm, khai sai số lượng hàng hoá, hiện tượng dán mác giả cũng sẽ bị ngăn chặn ngay từ khâu này mà không thể lưu thông vào thị trường.
5.2.1.3. Thực hiện quản lý giá đối với hàng hoá xuất nhập khẩu
Đối với hoạt động nhập khẩu các gian thương thường trốn thuế bằng cách khai giá hàng nhập khẩu thấp, do vậy mà phải có sự quản lý giá nhập khẩu chặt chẽ. Do vậy các lực lượng chống buôn lậu phải tổ chức kiểm tra chặt chẽ các hợp đồng và bảng thanh toán 100% qua ngân hàng với giấy tờ hồ sơ phát hiện kịp thời và thực hiện truy thu thuế, xử phạt vi phạm...
Trong hoạt động xuất khẩu các gian thương cũng khai tăng giá hàng xuất khẩu để lấy hạn ngạch cao, vì nhà nước ta thường không quản lý quá hàng xuất khẩu. Do vậy, việc quản lý giá hàng xuất khẩu cũng được đặt ra, ngăn chặn tình trạng đạt kim ngạch xuất khẩu giả tạo và nạn xoay vòng hàng hoá, tìm cách phát hiện giá thực xuất, xử phạt vi phạm truy thu thuế đối với số hàng vượt quá hạn ngạch thực tế của lô hàng thực xuất.