Thực hiện Chương trình tổng thể cải cách hành chính nhà nước giai đoạn 2011-2020, Ban quản lý các KCNtỉnh Phú Thọ hàng năm đã xây dựng
Kế hoạch cải cách hành chính, trọng tâm là cải cách thủ tục hành chính để triển khai thực hiện. Đồng thời, trên cơ sở các văn bản hướng dẫn của Trung ương đã thường xuyên tiến hành rà soát các thủ tục để cắt, giảm các điều khoản không cần thiết nhằm rút ngắn thời gian cho Nhà đầu tư. Đồng thời, rà soát các văn bản quy phạm pháp luật để sửa đổi, bổ sung hoặc bãi bỏ các văn bản đã hết hiệu lực, hết hiệu lực một phần, tránh trồng chéo, mâu thuẫn.
Năm 2016, Ban quản lý KCN đã tham mưu UBND tỉnh ban hành Quyết định số 1600/QĐ-UBND ngày 04/7/2016 về việc bàn hành các thủ tục hành chính đã được chuẩn hóa về nội dung thuộc lĩnh vực đầu tư, lao động và thương mại thuộc thẩm quyền giải quyết của Ban quản lý các KCN với 41 thủ tục được công bố.
Trong giai đoạn từ năm 2012 đến 2016, Ban quản lý các KCN đã tiếp nhận và giải quyết trên 900 bộ hồ sơ; 100% các hồ sơ được giải quyết, không có việc tồn đọng. Từ tháng 8 năm 2016, Ban quản lý các KCN đã triển khai phần mềm một cửa điện tử để từng bước triển khai tích hợp các dịch vụ công trực tuyến mức độ 3 trong việc giải quyết các thủ tục hành chính.
Đồng thời, Ban quản lý đã thực hiện niêm yết công khai địa chỉ cơ quan, địa chỉ thư tín, số điện thoại chuyên dùng, địa chỉ website, địa chỉ email thực hiện việc tiếp nhận, phản ánh, kiến nghị của cá nhân, tổ chức về quy định hành chính tại trụ sở cơ quan; thực hiện đầy đủ các chế độ thông tin, báo cáo về cải cách thủ tục hành chính.