Trường Đại học Kinh tế là đơn vị thành viên của Đại học Đà Nẵng, hoạt động theo Luật Giáo dục Đại học, Điều lệ Trường đại học, Quy chế Đại học vùng và các quy định phân cấp quản lý của Đại học Đà Nẵng. Về mặt cơ cấu quản lý, mối quan hệ giữa các cấp là trực tuyến chức năng, với 03 cấp theo quy định của Luật Giáo dục đại học: cấp trường, cấp khoa và cấp bộ môn. Để nâng cao hiệu quả công tác quản lý tài chính, nhà trường đã thực hiện nhiều giải pháp đồng bộ và hiệu quả sau đây [28]:
- Tích cực trong xây dựng các dự án chương trình phát triển giáo dục về đào tạo đại học gắn với dự toán kinh phí NSNN giao hằng năm; cơ bản là nguồn NSNN đã cấp đúng, đủ theo dự toán trường đã hoạch định.
- Quản lý tài chính thông qua kiểm tra, kiểm soát các nguồn chi thực hiện chi đầy đủ, khá kịp thời cho các hạng mục, bảo đảm cho nguồn tài chính đến đúng địa chỉ và có hiệu quả.
- Vận dụng cơ chế tự chủ đã huy động ngày càng đa dạng, phong phú nguồn tài chính, đặc biệt là nguồn tài chính ngoài NSNN. Trong đó, nổi bật nhất là đã huy động được khoản vốn nhất định từ nguồn viện trợ ngoài nước, thúc đẩy phát triển sự nghiệp giáo dục Đại học ở Đà Nẵng.
- Khai thác nguồn thu thông qua mở rộng hợp tác quốc tế nhằm tăng cường cơ sở vật chất, nâng cao năng lực đội ngũ, trao đổi giảng viên, sinh viên, đổi mới chương trình, nội dung và phương pháp dạy - học. Số lượng các chương trình đào tạo đại học và sau đại học liên kết với nước ngoài được cấp bằng quốc tế ngày càng tăng, tạo điều kiện cho đông đảo sinh viên khu vực miền Trung Tây Nguyên được tiếp cận với các chương trình đào tạo tiên tiến trên thế giới.
- Hằng năm, trường luôn cử cán bộ làm công tác tài chính kế toán tham gia các lớp tập huấn để nâng cao trình độ và cập nhật các chế độ quản lý tài chính mới của Nhà nước.