Theo con số thống kê tại Báo cáo tình hình ứng dụng công nghệ thông tin và phát triển Chính phủ điện tử cơ quan Bộ Y tế Quý I năm 2018, hiện nay tổng số máy tính được trang bị tại cơ quan Bộ Y tế (gồm máy tính để bàn, máy tính xách tay và máy tính bảng) là 985 máy.
Ứng dụng CNTT được sử dụng để công bố, công khai thông tin, kết quả giải quyết thủ tục hành chính thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế. Cổng thông tin điện tử của Bộ Y tế đã phục vụ tích cực công tác chỉ đạo, điều hành của Lãnh đạo Bộ, hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ của các đơn vị thuộc Bộ. Cung cấp nhiều thông tin và dịch vụ công cho các tổ chức, người dân và doanh nghiệp theo quy định của Nghị định số 43/2011/NĐ-CP ngày 13/6/2011 của Chính phủ. Cổng thông tin điện tử của Bộ Y tế có chuyên trang và đường dây nóng để tiếp nhận, xử lý thắc mắc của người dân, doanh nghiệp.
Hầu hết các đơn vị trực thuộc Bộ đều có trang thông tin điện tử, cung cấp các thông tin liên quan đến công tác quản lý điều hành của Bộ và cung cấp thông tin cho người dân, các doanh nghiệp.
Theo số liệu của Văn phòng Bộ Y tế, tính đến Quý I năm 2018, tổng số thủ tục hành chính (TTHC) trong lĩnh vực Y tế: 613 thủ tục, trong đó: số TTHC thực hiện tại Bộ Y tế: 377 thủ tục; số TTHC thực hiện tại Sở Y tế và Y tế các ngành: 236 thủ tục. Đối với hoạt động cung cấp dịch vụ công trực tuyến (DVCTT), hiện tại, số lượng dịch vụ công trực tuyến mức độ 3 tại Bộ Y tế là 06 DVCTT và số lượng dịch vụ công trực tuyến mức độ 4 là 52 DVCTT. Tại Bộ phận một cửa trong việc tiếp nhận, giải quyết TTHC, hoạt động ứng dụng CNTT ngày càng được chú trọng và đẩy mạnh. Bộ Y tế đã đề nghị Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính bố trí vốn trung hạn để xây dựng hệ thống dịch vụ công trực tuyến một cửa Bộ Y tế trong chương trình mục tiêu quốc gia về công nghệ thông tin.
Công tác chỉ đạo, điều hành các lĩnh vực quản lý hành chính quan trọng như quản lý cán bộ, đảng viên, tài chính - kế toán,... tại cơ quan Bộ Y tế đều được thực hiện trên môi trường điện tử. Hiện nay, cơ quan Bộ Y tế có 100% cán bộ, công chức, viên chức thuộc Bộ Y tế sử dụng thư điện tử của Bộ Y tế
trong thực thi và giải quyết công việc; 100% các văn bản không mật gửi cho các đơn vị thuộc/trực thuộc Bộ Y tế, Sở Y tế, Y tế các ngành dưới dạng điện tử, văn bản giấy chỉ được sử dụng song song đối với một số trường hợp cụ thể theo quy định; 100% văn bản không mật trình Chính phủ dưới dạng điện tử, bao gồm cả các văn bản trình song song cùng văn bản giấy.
Đối với hệ thống hội nghị truyền hình, tổng số điểm kết nối: 760 điểm/cuộc. Số cuộc họp qua hệ thống hội nghị truyền hình trên tổng số cuộc họp giữa Bộ với các đơn vị thuộc Bộ được thực hiện trong năm: có 26 cuộc hội nghị truyền hình. Số cuộc họp qua hệ thống hội nghị truyền hình trên tổng số cuộc họp giữa Bộ và địa phương được tổ chức trong năm: 10 cuộc hội nghị truyền hình lớn.