Lập kế hoạch triển khai đầu tư CNTT theo 4 giai đoạn của quá trình ứng dụng CNTT gồm: Đầu tư cơ sở về CNTT; Tăng cường ứng dụng quản lý chung và tác nghiệp; Ứng dụng toàn diện nâng cao năng lực và hiệu quả quản lý nhà nước; Đầu tư để biến đổi mô hình quản lý công hiện đại. Tại mỗi giai đoạn đều có những mục tiêu cụ thể và tuân theo các nguyên tắc cơ sở của ứng dụng CNTT là: ứng dụng CNTT phải phù hợp với mục tiêu của hoạt động quản lý nhà nước theo từng giai đoạn và từng phạm vi (vi mô và vĩ mô). Do đó, cần lựa chọn phương thức đầu tư CNTT sao cho phù hợp với tình hình thực tiễn công việc tại cơ quan Bộ Y tế và phù hợp với năng lực khai thác và sử dụng CNTT của cán bộ, công chức làm việc tại cơ quan Bộ.
Đối với giai đoạn thứ nhất: đầu tư cơ sở về CNTT, cần có lộ trình nâng cấp, trang bị máy tính thế hệ mới, nâng cấp tốc độ đường truyển của hệ thống mạng LAN, WAN, sử dụng đường truyền Internet tốc độ cao. Đồng thời, có kế hoạch đào tạo, bồi dưỡng cán bộ công chức vừa có chuyên môn về CNTT vừa có chuyên môn về từng lĩnh vực hoạt động của ngành y tế.
Đối với giai đoạn thứ hai và thứ ba: Tăng cường ứng dụng quản lý chung và tác nghiệp và ứng dụng toàn diện nâng cao năng lực và hiệu quả quản lý nhà nước. Ở giai đoạn này, Bộ cần hoạch định những chính sách cụ thể để từng bước hoàn thiện và đẩy mạnh hơn nữa việc ứng dụng CNTT vào từng quy trình giải quyết công việc của từng mảng hoạt động của ngành y tế. Trên cơ sở đó, từng bước hệ thống hoá và xây dựng Trung tâm dữ liệu của Bộ từ đơn giản tới quy mô. Trung tâm dữ liệu của Bộ trong tương lai với sự kết nối Trung tâm dữ liệu quốc gia sẽ là cơ sở rất quan trọng cho việc cải cách hành chính và nâng cao chất lượng quản lý nhà nước trong ngành y tế. Đồng
thời, Bộ cần xây dựng lộ trình nâng cấp mạng diện rộng phủ khắp tổ chức, đảm bảo cho các luồng thông tin lưu chuyển thông suốt giữa các bộ phận; các phần mềm tích hợp và các CSDL cấp toàn đơn vị là những công cụ chủ đạo hỗ trợ cho hoạt động quản lý và tác nghiệp; triển khai các giải pháp đồng bộ giúp tổ chức thay đổi chất lượng quản lý nội tại, nâng cao năng lực điều hành, tăng hiệu quả và tăng năng lực cạnh tranh như ERP, SCM, CRM. Với lộ trình hoàn thiện và nâng cao chất lượng ứng dụng CNTT trong giải quyết công việc tại cơ quan Bộ Y tế sẽ là tiền đề quan trọng góp phần biến đổi mô hình quản lý công hiện đại theo hướng hiệu lực, hiệu quả.
Dù ở bất kỳ giai đoạn nào, nguồn tài chính phải được tính toán kỹ lưỡng nhằm đáp ứng và ổn định không chỉ trong giai đoạn xây dựng, phát triển ban đầu mà phải tính toán để đảm bảo cho cả các giai đoạn nâng cấp, mở rộng, duy trì, vận hành và thay thế đối với hạ tầng CNTT, phần mềm hệ thống, phần mềm ứng dụng.