Bộ Y tế đã ban hành nhiều văn bản pháp luật để quản lý việc ứng dụng CNTT trong giải quyết công việc thuộc các lĩnh vực của ngành y tế. Các văn bản pháp luật và chính sách ứng dụng và phát triển CNTT tại cơ quan Bộ thường xuyên được điều chỉnh, cập nhật sao cho phù hợp với tình hình thực tiễn và sự phát triển CNTT trong nước cũng như quốc tế, điều chỉnh phù hợp với các văn bản pháp luật về ứng dụng CNTT của Chính phủ cũng như của Bộ quản lý chuyên ngành là Bộ Thông tin truyền thông.
Bộ đã xây dựng mô hình ứng dụng CNTT phù hợp với quy mô, nội dung và phạm vi hoạt động, đáp ứng tốt các hoạt động nghiệp vụ và quản lý điều hành của cơ quan Bộ Y tế. Cổng thông tin điện tử Bộ Y tế đã đăng tải 377/488 thủ tục hành chính công từ mức độ 2. Tại Bộ Y tế, có 52 dịch vụ hành chính công đã được triển khai đạt mức độ 4 tại Cục An toàn thực phẩm, Cục Quản lý Dược, Cục Môi trường Y tế, Cục Quản lý Khám chữa bệnh và Vụ Trang thiết bị công trình y tế. Liên tục cập nhật kết quả dịch vụ công mức 4 trên Cổng thông tin điện tử Bộ Y tế. Tiếp tục tổ chức tiếp nhận và trả lời các câu hỏi của tổ chức, người dân gửi đến Bộ Y tế qua chuyên mục “Công dân, tổ chức hỏi - Bộ Y tế trả lời” trên Cổng thông tin điện tử Bộ Y tế. Duy trì tốt hoạt động thường xuyên của Cổng thông tin điện tử Bộ Y tế; Thông tin hoạt động của Lãnh đạo Bộ được cập nhật nhanh, đầy đủ. Các tin dược, tin y tế, tin quốc tế, tin khác thường xuyên được cập nhật; Tổ chức tiếp nhận, xử lý các thông tin phản hồi cũng như giải đáp các thắc mắc của cá nhân, tổ chức, tổ chức về các lĩnh vực hoạt động của ngành y tế. Hệ thống văn bản pháp quy và văn bản chỉ đạo điều hành được liên thông với hệ thống quản lý văn bản điện tử tại cơ quan Bộ.
Chất lượng các dịch vụ công trong ngành y tế ngày càng tăng, phục vụ hiệu quả cho nhu cầu của người dân. Việc ứng dụng các phần mềm vào từng nội dung công việc ngày càng phát triển, khắc phục những yếu điểm của công
nghệ cũ, gia tăng các chức năng và tiện ích, nhằm tối ưu hoá chất lượng thực thi công vụ của cán bộ, công chức trong quá trình giải quyết công việc, cung cấp số liệu chính xác phục vụ hoạt động điều hành, quản lý.
Bộ đã chú trọng và quyết liệt làm đầu mối triển khai áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2008 tại Bộ Y tế, phối hợp với đơn vị tư vấn triển khai hoạt động đánh giá nội bộ, đánh giá giám sát định kỳ theo yêu cầu của Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường chất lượng. Kết quả đánh giá các đơn vị đều đạt yêu cầu của Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường chất lượng.
Hỗ trợ về kỹ thuật cho người dùng Hệ thống Quản lý văn bản điện tử (VOffice) tại Cơ quan Bộ Y tế, các đơn vị trực thuộc và 63 Sở Y tế; Hỗ trợ các đơn vị triển khai quản lý văn bản điện tử Bộ Y tế; Ban quản lý chương trình hợp tác y tế giữa Việt Nam và WHO, Trung tâm Y tế Dự phòng Hà Nội (do sáp nhập thêm 06 trung tâm trên địa bàn) triển khai hệ thống VOffice; Tạo tài khoản gửi/nhận văn bản cho Ban quản lý tiểu dự án II (thuộc dự án 17/09); Triển khai hệ thống VOffice đến 63 Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình tại các tỉnh/thành phố; Cập nhật một số tính năng hỗ trợ người sử dụng.
Nhân lực CNTT thường xuyên được bổ sung, đào tạo, bồi dưỡng nâng cao chất lượng. Đa số cán bộ, công chức phụ trách CNTT đều có chuyên môn tốt, được đào tạo chính quy, thường xuyên được bồi dưỡng, tập huấn nâng cao nghiệp vụ. Chính sách tuyển dụng, đào tạo, quản lý nguồn nhân lực của Bộ luôn thu hút được cán bộ, công chức tham gia vào công việc. Công tác kiểm tra, đánh giá hoạt động ứng dụng CNTT tại cơ quan Bộ cũng được diễn ra thường xuyên, góp phần tích cực trong hoạt động quản lý và đẩy mạnh, nâng cao chất lượng ứng dụng CNTT tại cơ quan Bộ.