Việc đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong giải quyết công việc tại cơ quan Bộ Y tế đang phải đối mặt với nhiều thách thức, cụ thể:
Hệ thống cơ sở dữ liệu với nguồn số liệu không ổn định. Việt Nam nói chung và Bộ Y tế nói riêng chưa xây dựng được hệ thống dữ liệu trung tâm. Việc xây dựng, thiết kế phần mềm trong giải quyết công việc mới được triển khai mạnh mẽ trong thời gian gần đây nên việc khai thác CSDL từ các hệ thống này chưa được chuẩn hóa, chưa được ổn định. Do đó, phải sửa chương trình, thậm chí, sửa cả cấu trúc của chương trình mới khai thác được dữ liệu điều tra để tạo ra các loại báo cáo. Đây là một trong những thách thức lớn đối với việc phát triển và tin học hóa của Bộ Y tế.
Đối với hệ thống các phần mềm ứng dụng, trong thời gian qua, Bộ đã đầu tư triển khai ứng dụng phần mềm để giải quyết công việc trong nhiều lĩnh vực hoạt động của Bộ Y tế. Tuy nhiên, các ứng dụng phần mềm này đa phần được triển khai trên nền tảng công nghệ cũ, chế độ bảo mật dữ liệu chưa cao. Hệ thống ứng dụng CNTT của Bộ Y tế chưa được đầu tư xây dựng các chính sách và giải pháp an ninh, an toàn hệ thống tổng thể. Vì vậy, hệ thống mạng và hệ thống cơ sở dữ liệu không đảm bảo tính phát triển an toàn, bền vững.
Phát triển và ứng dụng CNTT sẽ làm thay đổi phương pháp, quy trình làm việc, sẽ dẫn tới thay đổi về mô hình tổ chức phù hợp với quy trình làm việc mới, đó là quá trình tất yếu, khách quan. Nếu mô hình tổ chức không được chuyển đổi tương thích sẽ ảnh hưởng rất lớn đến hiệu quả của CNTT, thậm chí CNTT không những không phát huy tác dụng, mà còn bị cản trở đến công việc. Đây là thách thức chung của các đơn vị tiến hành tin học hóa quy trình hoạt động của đơn vị.
Cán bộ, công chức với nghiệp vụ, kiến thức tin học và CNTT vẫn còn yếu, ngược lại cán bộ tin học thiếu kiến thức nghiệp vụ. Muốn nâng cao hiệu quả ứng dụng CNTT trong giải quyết công việc, mỗi đơn vị cần có ít nhất 01
kỹ sư tin học chuyên về thiết kế hệ thống thông tin. Bên cạnh đó, trình độ đội ngũ cán bộ, công chức làm chủ và vận hành hệ thống CNTT với quy trình công nghệ mới còn hạn chế.