Hệ thống sông suối của Đắk Nông dày đặc và phân bố tương đối đều khắp. Các sông chính chảy qua địa phận tỉnh gồm hai hệ thống sống chính là: Sông Sêrêpôk do hai nhánh sông Krông Nô và Krông Na hợp lưu. Do kiến tạo địa chất phức tạp, lòng sông trở nên hẹp và dốc nên tạo ra các thác nước lớn hùng vĩ, vừa có cảnh quan thiên nhiên đẹp, vừa có tiềm năng thủy điện như các thác: Trinh Nữ, Dray H'Linh, Gia Long, Đray Sap. Thượng nguồn sông Đồng Nai gồm nhiều sông suối ở Đắk Nông là thượng nguồn như: Suối Đắk Rung, Đắk Nông, Đắk Bukso, ĐắkR'Lấp, Đắk R'Tih …
có khả năng xây dựng các công trình thuỷ lợi, thuỷ điện với nhiều quy mô khác nhau phục vụ cho sản xuất và đời sống. Trên địa bàn còn có nhiều hồ như: hồ Trúc, hồ Ea Tlinh, hồ Tây, hồ Đắk Rông,...
Nguồn nước mặt trên địa bàn tỉnh Đắk Nông không nhiều. Hệ thống sông suối phân bố tương đối đều, lượng mưa bình quân 2.000 mm/năm, lượng nước vào dòng chảy các sông suối rất lớn. Tuy nhiên, do lượng mưa phân bố không đều theo thời gian và không gian, địa hình dốc, chia cắt phức tạp, khả năng giữ nước kém nên mùa mưa gây ngập úng cục bộ một số vùng ven sông Krông Nô (tháng 9-10), Krông Ana (tháng 10-11), đồng thời gây thiếu nước cho một số khu vực trong mùa khô.
Nguồn nước ngầm trên địa bàn tỉnh Đắk Nông không nhiều và không đều giữa các khu vực. Khu vực phía Nam và trung tâm tỉnh nước ngầm thuộc loại trung bình và nghèo, lưu lượng các lỗ khoan khai thác và thăm dò phổ biến từ 1- 2 l/s, phù hợp khai thác nước phân tán và cấp nước cho các khu dân cư. Khu vực phía Bắc và Đông Bắc tỉnh nguồn nước ngầm nghèo, thậm chí rất nghèo, trừ một vài điểm xuất lộ cá biệt.
Cùng với các yếu tố tự nhiên, thủy văn và hoạt động của nó đã tác động đến lớp vỏ thổ nhưỡng một cách mạnh mẽ. Bên cạnh vai trò vận chuyển, phân bố lại vật chất, quan trọng là việc thúc đẩy quá trình thành tạo đất hoặc tạo ra những vùng đất phù sa màu mỡ thì quá trình nước chảy tràn bóc đi lớp vỏ thổ nhưỡng, làm lộ trơ đá gốc, quá trình xâm thực rửa trôi của nước chia cắt lớp vỏ thổ nhưỡng, làm nghèo chất khoáng và làm chua đất. Mạng lưới thủy văn có lưu lượng nước phong phú là điều kiện thuận lợi, đáp ứng yêu cầu về nước của ngành nông nghiệp.