- Phương thức quản lý
Hiện nay, các đơn vị y tế được quyết định giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính theo Nghị định số 43/2006/NĐ-CP. Chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính cho phép các đơn vị y tế được sử dụng nguồn tài chính của đơn vị được linh hoạt đáp ứng cho hoạt động chuyên môn được giao và theo đúng quy định của pháp luật.
- Cơ chế, chính sách
Chế độ, chính sách của nhà nước thường xuyên thay đổi cũng làm ảnh hưởng cơ bản đến quản lý chi thường xuyên NSNN cho sự nghiệp y tế.
Các chế độ tăng mức lương cơ sở; chế độ phụ cấp ưu đãi đối với ngành y tế cũng được sửa đổi, bổ sung, thay thế; chế độ phụ cấp đặc thù ngành y tế... Trước yêu cầu phải nâng cao chất lượng dịch vụ công, cắt giảm sự bao cấp của Nhà nước, Đảng và Nhà nước ta đã có chủ trương phải đối mới cơ chế quản lý, đặc biệt là đổi mới về cơ chế tài chính. Từ yêu cầu đó, Chính phủ đã ban hành Nghị định 10/2002/NĐ-CP, Nghị định 43/2006/NĐ-CP thay thế Nghị định 10/2002/NĐ-CP, Nghị định 85/2012/NĐ-CP quy định chi tiết hơn về cơ chế tự chủ tài chính tại các đơn vị SNYT công lập.
- Mức độ tăng trưởng và quan hệ phân phối ngân sách
Khi nền kinh tế tăng trưởng chậm, thu nhập quốc dân thấp thì một điều tất yếu là mức độ động viên vào NSNN sẽ thấp. Trong khí đó, nhu cầu chi tiêu ngày càng lớn, nguồn tài chính đảm bảo cho nhu cầu chi tiêu lại bị hạn chế dẫn tới nguồn tài chính cung cấp cho y tế cũng bị hạn chế. Ngược lại, khi nền kinh tế có tốc độ tăng trưởng nhanh, thu ngân sách lớn thì nguồn kinh phí dành cho sự nghiệp y tế sẽ cao hơn.
Tùy vào từng thời kỳ mà khoản chi nào đó có thể chiếm tỷ trong cao hay thấp trong cơ cấu chi của NSNN. Trên thực tế, với một lượng tài chính nhất định nếu tăng chi quá cho lĩnh vực này thì sẽ giảm chi cho lĩnh vực khác. Ngược lại, nếu tăng chi cho lĩnh vực khác mà phần NSNN dành cho sự nghiệp y tế không đảm bảo nhu cầu tối thiểu thì sẽ ảnh hưởng không tốt đến ngành y tế và chất lượng của công tác chăm sóc sức khỏe nhân dân.
- Tốc độ tăng dân số và tỷ lệ mắc bệnh trong nhân dân
Đây cũng là một trong những vấn đề ảnh hưởng lớn đến chi thường xuyên từ ngân sách cho sự nghiệp y tế. Dân số tăng nhanh trong khi đó NSNN còn hạn hẹp tạo sức ép lớn về mọi mặt của xã hội, đặc biệt là y tế. Đồng thời điều kiện vật chất của người dân còn thiếu thốn, môi trường sinh thái bị ô nhiễm, đi kèm với nó là bệnh dịch, ảnh hưởng lớn đến sức khỏe con người. Do đó, để thanh toán và đẩy lùi dịch bệnh cần phải tăng cường đầu tư vào việc phòng bệnh và chữa bệnh. Mặt khác, tỷ lệ mắc bệnh trong
nhân dân cao, mô hình bệnh tật chuyển biến ngày một phức tạp đòi hỏi các hoạt động y tế phải đổi mới và phát triển không ngừng. Chính vì vậy cũng gây ảnh hưởng đến cơ cấu chi thường xuyên NSNN cho sự nghiệp y tế.