Tỷ lệ hồ sơ giải quyết đúng hẹn tuy ngày càng tăng nhưng vẫn còn tình trạng hồ sơ trễ hẹn, tập trung ở các lĩnh vực đất đai, xây dựng. Bên cạnh nguyên nhân khách quan về quy trình thủ tục, còn do hạn chế về năng lực chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ công chức, một số cơ quan đơn vị chưa kiên quyết xử lý kịp thời và nghiêm minh những cán bộ công chức thiếu tinh thần trách nhiệm trong thực thi công vụ.
- Về cơ sở vật chất cung cấp dịch vụ: Nơi tiếp nhận và trả kết quả được trang bị hiện đại, tuy nhiên việc bố trí chưa khoa học, môi trường còn tạo khoảng cách trong giao tiếp giữa cán bộ và khách hàng. Thực tế cho thấy mặc dù quy trình thực hiện thủ tục hành chính đã được niêm yết đầy đủ, nhưng vẫn còn tình trạng khách hàng phải đi lại nhiều lần để bổ túc hồ sơ.
- Về năng lực phục vụ: Trình độ, năng lực trong thực thi hành công vụ của một số cán bộ công chức của trung tâm còn chưa đồng đều. Chất lượng đào tạo, bồi dưỡng tuy có nâng lên nhưng vẫn còn nặng về lý thuyết, thiếu quan tâm bồi dưỡng kỹ năng
và xử lý tình huống trong quản lý hành chính đặc biệt là kỹ năng giao tiếp, trình độ ngoại ngữ còn hạn chế....chưa kiểm soát được quy trình giải quyết công việc. .
- Về thái độ phục vụ của nhân viên: Biên chế của trung tâm có hạn, khối lượng công việc nhiều, áp lực về cao về thời gian và độ chính xác nên đôi khi khách hàng còn than phiền về thái độ phục vụ của công chức, tinh thần trách nhiệm trong thực thi công vụ.
- Về việc quy trình thủ tục: Thủ tục hành chính cho dù được cải cách từ nhiều năm nay, nhưng nhìn chung vẫn phức tạp, phiền hà cho khách hàng, doanh nghiệp. Đặc biệt là trong lĩnh vực cấp phép xây dựng, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, thủ tục còn khó hiểu, rườm rà và do công tác quy hoạch chưa hoàn chỉnh.