Sự hiện diện có tính nối tiếp các di chỉ khảo cổ học dược xếp vào văn hóa đá mới, đá mới - đồng thau rồi đến đồng thau – sắt sớm đã chứng tỏ sự có mặt của một bộ phận cư dân cổ Đông Nam Á trên đất Campuchia. Dựa vào sự phân bố các di chỉ khảo cổ học có thể đoán định rằng những bộ phận cư dân này tập trung chủ yếu ở vùng Đông Bắc Biển Hồ và lưu vực sông Sê – mun chảy qua Cò – rạt (Thái Lan ngày nay). Những cư dân cổ sinh sống ở đây chủ yếu là cư dân nông nghiệp, sống bằng nghề trồng trọt, săn bắn, đánh cá,… Theo nghiên cứu của TS. Nguyễn Khắc Cảnh, đây chính là tổ tiên chung của người Khmer và các dân tộc ít người bản địa của Campuchia mà hậu duệ còn lại tới ngày nay là người Pnông cư trú ở vùng Đông Bắc Campuchia (Nguyễn Khắc Cảnh, 2000).
Ở những thế kỷ trước và sau Công Nguyên là thời kỳ biến động mạnh mẽ trong quá trình hình thành tộc người Khmer. Cư dân “tiền Khmer – Pông” đã chịu tác động sauu sắc của hai lần “Ấn Độ hóa” về văn hóa và con người với những đợt thiên di của các tầng lớp quý tộc, thương nhân, tăng lữ, trí thức từ Ấn Độ tới ; cùng với những đợt Nam tiến của nhiều tộc người từ Bắc Đông Dương và Nam Trung Quốc xuống. Trong bối cảnh của những biến động về văn hóa và tộc người mà đó mà loại hình Khmer đã hình thành cùng với quá trình hình thành nhà nước Campuchia sơ kỳ (Chân Lạp cổ đại). Người Khmer không phải là tộc người ngoại lai từ nơi khác di cư đến Campuchia mà họ có tổ tiên chung từ một bộ phận cư dân cổ ở Đông Nam Á. Từ đây, người Khmer bước vào quá trình liên kết và cố kết tộc người.
Quốc gia Chân Lạp cổ đại thời kỳ đầu là thuộc quốc Phù Nam. Sau đó Chân Lạp mạnh lên đã thoát khỏi sự xâm lấn của Phù Nam, quay lại thống trị Phù Nam và sáp nhập thành một bộ phận lãnh thổ của mình, mở đường cho cuộc Nam tiến của người Khmer rồi đi dần vào lãnh thổ Nam bộ Việt Nam.
Trong khoảng thời gian từ cuối thế kỷ IX đến thế kỷ XI, chân Lạp trở thành một quốc gia cường thịnh tạo dựng nên nền văn minh Ăngkor rực rỡ, tuy nhiên theo nghiên cứu khảo cổ học cho thấy ảnh hưởng của nền văn minh Ăngkor trên đất
đất cao màu mỡ, rất thuận lợi cho cư dân cư trú và sản xuất. Lúc này, người nông dân Khmer nghèo khổ, đã bỏ trốn tìm đến sinh sống ở những giồng đất cao của Đồng bằng Nam Bộ, cư trú theo từng khu vực, dựa trên mối quan hệ dòng họ và gia đình. Từ thế (theo Võ Văn Sen (chủ biên, 2010) Một số vấn đề cấp bách trong quá trình công nghiệp hóa – hiện đại hóa của người Khmer ở Đồng bằng sông Cửu Long,, trang 22). Thế kỷ XIV Chân Lạp phải đối phó với sự bành trướng của các vương triều Xiêm từ phía Tây, để tránh khỏi sự đàn áp và bóc lột của các thế lực phong kiến Thái Lan, nhiều nhóm người Khmer, trong đó có cả những sư sãi và trí thức Khmer đã di cư đến vùng đến khu vực đồng bằng Nam Bộ sinh sống, họ hòa nhập với những lớp người Khmer đến trước, tiếp tục khai phá và biến những vùng đất này thành những điểm tụ cư đông đúc. Vào đầu thế kỷ XVI, ở Đồng bằng Nam Bộ cơ bản đã hình thành các điểm dân cư tập trung của người Khmer, về đại thể người Khmer ở ĐBSCL đã hình thành 3 vùng dân cư tập trung lớn đó là: Vùng Sóc Trăng – Bạc Liêu- Cà Mau (chủ yếu là Sóc Trăng, Vĩnh Châu, Vĩnh Lợi), Vùng An Giang – Kiên Giang (chủ yếu là Vọng Thê, Tri Tôn, Nhà Bàng, sau đến phía Tây Bắc Hà Tiên), Vùng Trà Vinh – Vĩnh Long (còn gọi là vùng nội địa). Từ khi đến khu vực khu vực ĐBSCL sinh sống, nhóm người này đã sống độc lập và không có mối quan hệ với bất kỳ quốc gia nào thời đó. Do sống tách biệt với người Khmer ở Campuchia trong một thời gian dài, nên người Khmer ở ĐBSCL đã tạo ra những đặc điểm cho cộng đồng mình về cư trú, kinh tế, văn hóa và xã hội. Từ khi các chúa Nguyễn và nhà nguyễn xác lập và thực thi chủ quyền cũng như đưa ra những chính sách trong việc quản lý vùng đất Nam Bộ, người Khmer ĐBSCL đã trở thành một dân tộc trong cộng đồng các dân tộc Việt Nam. Vốn là cư dân nông nghiệp, người Khmer đã tập hợp nhau lại thành những tập thể láng giềng nhỏ và tổ chức nó thành những đơn vị xã hội tự quản. Mỗi tập thể định cư trên một địa điểm bám sát đất trồng trọt gọi là phum, đơn vị cao hơn phum và bao gồm nhiều phum gọi là srok (theo Việt hóa là Sóc). Đây là những đơn vị xã hội cổ truyền ràng buộc bởi các phong tục, lễ nghi mà ngôi chùa là trung tâm sinh hoạt văn hóa. Đặc biệt là khi quần cư ở đâu, người Khmer đều lập chùa thờ Phật.
Lịch sử hình thành và phát triển của vùng đất Nam Bộ nói riêng và lịch sử Việt Nam nói chung cho thấy người Khmer là một bộ phận hợp thành của cộng đồng đa dân tộc, đa văn hóa Việt Nam.