Khi ứng dụng NHĐT vấn đề an toàn và bảo mật thông tin, bảo mật nguồn dữ liệu là vấn đề cực kỳ quan trọng, mang ý nghĩa quyết định đến sự tồn tại và phát triển của mỗi ngân hàng. Chú trọng tới vấn đề bảo mật và an ninh mạng do tác hại của hacker, virus máy tính không chỉ đơn thuần là thiệt hại vật chất mà còn là uy tín, chất lượng của ngân hàng. Rủi ro lớn nhất trong hoạt động Internet Banking là hệ thống bị xâm phạm, bị giả mạo, lừa đảo trong thanh toán, chi trả.Vấn đề này phụ thuộc rất lớn vào các giải pháp công nghệ, giải pháp kỹ thuật, các chương trình phần mềm về mã khoá, chữ ký điện tử, cũng như hệ thống pháp lý về hoạt động của Internet Banking.
SeABank cần nhận thức đầy đủ về rủi ro trong hoạt động Internet Banking và tiền điện tử và quá trình chuyển đổi đi đôi với rủi ro: Sự nhanh nhậy của công nghệ hiện đại cũng đi kèm với rủi ro lớn nếu con người không kiểm soát được nó; Quá trình chuyển đổi sang một tập quán giao dịch mới là giao dịch điện tử (trong đó có Internet Banking và tiền điện tử) trong điều kiện một nền kinh tế đang chuyển đổi cũng có thể đi đôi với nhiều rủi ro.
Về mặt kỹ thuật, hiện nay một số các ngân hàng sử dụng các hệ thống an toàn như Secure Sockets Layer (SSL) hay Secure Electronic Transaction (SET). Các ngân hàng khi thực hiện kết nối, giao dịch NHĐT thì trước hết phải chuẩn bị thật kĩ lưỡng, có biện pháp, chính sách rõ ràng về chiến lược đảm bảo an toàn, bí mật thông tin. Ngoài ra SeABank cần thiết lập một chính sách quản lý rủi ro nội bộ.
Cần phải chuẩn hoá các giao dịch ngân hàng nhằm hạn chế các rủi ro. Hoạt động Internet Banking, tiền điện tử là những giao dịch diễn ra chủ yếu ở chế độ trực
tuyến. Do đó việc quy chuẩn hoạt động ngân hàng theo một cách thức nào đó như dưới dạng định sẵn hay quy định rõ về quy trình nghiệp vụ sẽ tránh được tình trạng làm việc tuỳ tiện trong các khâu nghiệp vụ hoặc các sai sót,... và qua đó hạn chế được rủi ro đối với ngân hàng và đối với nền kinh tế.
Tư vấn khách hàng cũng là một trong những biện pháp để phòng ngừa rủi ro. Thực tế, những sơ xuất của khách hàng do thiếu hiểu biết đã dẫn đến những rủi ro đáng tiếc. Khách hàng dường như phó mặc cho ngân hàng và không nghĩ rằng mình cũng phải có trách nhiệm tự bảo vệ. Do vậy, cần có thông báo trước cho khách hàng để đảm bảo rằng: một là, khách hàng hiểu rõ những rủi ro có thể phát sinh và thực hiện các biện pháp bảo mật thích hợp, khách hàng phối hợp cùng với ngân hàng đảm bảo chính sách an toàn thông tin trên mạng. Hai là, chấp thuận, cho phép kết nối, giao dịch, chuyển giao thông tin qua mạng Internet, bảo đảm sự an toàn cho thông tin cá nhân của khách hàng.
Vấn đề quản trị và phòng ngừa rủi ro, phải gắn liền với quá trình phát triển các hoạt động của Internet Banking, là quá trình đổi mới phương pháp quản lý, quản trị ngân hàng, hệ thống bộ máy tổ chức và cơ cấu hoạt động, hệ thống quản trị rủi ro, kiểm soát và các biện pháp phòng ngừa. SeABank cần phân tích, xem xét các mô hình Internet Banking đã và đang phát triển của một số nước trên thế giới, để học tập tham khảo và xây dựng hệ thống quản trị Internet Banking phù hợp với thông lệ quốc tế và pháp luật Việt Nam, đảm bảo hoạt động lành mạnh phát triển bền vững, an toàn và hiệu quả.
3.3. Kiến nghị