Bên cạnh những kết quả đạt được đáng khích lệ nêu trên. Công tác QTRRTD còn những hạn chế nhất định.
Một là: Hệ thống thông tin phòng ngừa rủi ro chưa thực sự phát huy hiệu quả, mới dừng lại ở việc đánh giá xếp loại khách hàng hàng năm, các chỉ tiêu đánh giá để thực hiện việc phân loại khách hàng còn sơ sài (đối với việc phân loại doanh nghiệp, thiếu những chỉ tiêu quan trọng như nghành nghề kinh doanh, quy mô hoạt động, các tỷ số tài chính như vòng quay hàng tồn kho, vòng quay khoản phải thu, tỷ lệ sinh lời như ROE, ROA .... Đối với các hộ gia đình, thiếu chỉ tiêu nghành nghề kinh doanh, thu nhập bình quân đầu người, các giá trị tài sản hiện có.). Bên cạnh đó thực hiện phân loại theo quy định trên về cơ bản thiếu các thông tin phi tài chính do đó kết quả phân loại chưa thực sự phản ánh được khả năng khách hàng trong quan hệ tín dụng để có đối sách quản trị rủi ro phù hợp.
Hai là: Mô hình chấm điểm và xếp hạng nội bộ của NHNo&PTNT Việt Nam đang trong giai đoạn hoàn thiện, nhưng để đảm bảo hiệu quả thì việc cung cấp thông tin bao gồm thông tin định tính và định lượng phải chuẩn xác. Tuy nhiên trong điều kiện Việt Nam nói chung và tỉnh Thanh Hóa nói riêng có thể nói là rất khó thực hiện. Hơn nữa một số CBTD chưa nhận thức đúng đắn về vai trò của thông tin khách hàng trong hoạt động tín dụng, dẫn đến việc thu nhập thông tin và nhập thông tin vào máy tính chưa đầy đủ kịp thời; phần mềm máy vi tính chưa đáp ứng được yêu cầu trong việc tổng hợp truyền và nhận thông tin. Mặt khách khách hàng là hộ gia đình, cá nhân của NHNo&PTNT tỉnh Thanh Hóa là rất lớn (mỗi chi nhánh huyện có từ 15.000 đến 20.000 khách hàng) và các CBTD kiêm nhiệm công tác thông tin khách hàng nhưng khả năng lấy thông tin còn yếu và không chuyên sâu nên dẫn đến những thông tin cập nhật thiếu hoặc chưa chuẩn xác do vậy thông tin chưa phản ánh đúng tính chất và năng lực khách hàng trong quan hệ tín dụng. Do đó có thể nói việc phân loại nợ tại chi nhánh chỉ nhìn vào yếu tố định lượng mà chưa có yếu tố định tính, dẫn đến chưa thực sự phản ánh chất lượng dư nợ.
cá nhân là chủ yếu, chiếm tỷ trọng trên 65% tổng dư nợ (tập trung ở các huyện, thị trong tỉnh), dư nợ cho vay doanh nghiệp chiếm tỷ trọng trên 30% điều này cho thấy sự dịch chuyển cơ cấu cho vay theo hướng đa dạng hoá chưa tích cực; chưa có chính sách cơ chế tín dụng thích hợp đối với từng khu vực khách hàng. Tuy nhiên nợ xấu đối với cho vay doanh nghiệp luôn tiềm ẩn rủi ro và chiểm tỷ trọng cao trong tổng nợ xấu.
Bốn là: Ngân hàng sử dụng biện pháp xử lý rủi ro chuyển theo dõi ngoại bảng những khoản nợ không có khả năng thu hồi với số dư tăng đều qua hàng năm, mặc dù điều đó phản ánh sự chủ động ứng phó với RRTD xong đồng thời cũng phản ánh thực trạng RRTD tại chi nhánh NHNo&PTNT tỉnh Thanh Hóa còn cao, việc XLRR với trích lập DPRR cao làm tăng chi phí vốn, giảm lợi nhuận của ngân hàng.
Năm là: Tỷ lệ nợ xấu thấp nhưng chưa đảm bảo ổn định, vững chắc do còn tình trạng gia hạn nợ, điều chỉnh kỳ hạn nợ nhưng thiếu căn cứ; chưa xác định được đúng thực trạng mức độ nợ tiềm ẩn rủi ro, dẫn đến thiếu căn cứ để phân loại nợ đúng và đầy đủ để trích lập dự phòng và xử lý rủi do tín dụng hàng năm. Việc xử lý nợ xấu còn chưa kiên quyết, vẫn sử dụng biện pháp động viên khách hàng trả nợ, rất ngại hoặc ít đưa ra pháp luật xử lý, hoặc ít bán tài sản bảo đảm, do đó đối với khách hàng chây ỳ rất khó thu hồi nợ. Còn tồn tại hiện tượng, để đảm bảo kế hoạch tài chính có những món nợ xấu không có khả năng thu hồi thực sự thì chưa được xử lý mà xử lý với những món có khả năng thu hồi sau đó tập trung thu nợ nhằm làm sạch nợ ngoại bảng, nếu lạm dụng biện pháp này lâu dài sẽ tạo nên một tiền lệ không tốt, không phản ánh thực RRTD và việc xử lý rủi ro.
Sáu là: Còn nhiều vướng mắc trong xử lý tài sản thế chấp: xử lý tài sản thế chấp đối với hộ nông dân tại các xã, thôn để thu hồi nợ rất khó khăn do tính khả mại của tài sản thế chấp thấp. Một số khoản nợ xấu ở những công ty mới cổ phần hoá tiền thân là các doanh nghiệp nhà nước, khi các công ty này gặp khó khăn trong việc thanh toán nợ thì buộc ngân hàng phải dùng biện pháp xử lý như phát mại tài sản thế chấp xong số tài sản này đều là những máy móc cũ kỹ và lạc hậu, tài sản gắn liền trên đất thuê của Nhà nước, giá trị còn lại không lớn so với khoản vay nên ngân
hàng đã không thu được đủ vốn gốc.
Bảy là: Chất lượng tín dụng có lúc, có nơi chưa được coi trọng đúng mức, việc tuân thủ quy trình tín dụng chưa nghiêm (thẩm định sơ sài, hồ sơ tài sản thế chấp chưa đầy đủ yếu tố pháp lý), một số cán bộ tín dụng khi quyết định cho vay còn dựa trên yếu tố chủ quan về tài sản bảo đảm tiền vay, coi trọng yếu tố này mà chưa coi trọng đến hiệu quả của phương án, dự án vốn. Một số cán bộ tín dụng yếu về chuyên môn nghiệp vụ, hiểu biết pháp luật còn hạn chế, chưa theo kịp với yêu cầu nhiệm vụ trong thời kỳ mới, trong thẩm định và quyết định cho vay vẫn để xảy ra tình trạng cho vay vượt khả năng thanh toán của khách hàng vay vốn, đôn đốc xử lý nợ xấu chưa kịp thời. Việc kiểm tra sử dụng vốn vay còn mang tính hình thức, chiếu lệ, chưa thường xuyên, việc kiểm tra sau khi cho vay chưa được coi trọng như là một tất yếu của quy trình cho vay, từ đó dẫn đến một số khách hàng còn sử dụng vốn sai mục đích dẫn đến khó khăn trong việc trả nợ ngân hàng.
Tám là: Việc xử lý nợ xấu còn một số vấn đề tồn tại, biện pháp tích cực thu hồi nợ ngay từ khi phát sinh nợ xấu chưa được coi trọng, chưa có phương pháp và cách thức theo dạng “cẩm nang” hướng dẫn toàn chi nhánh trong việc thu hồi nợ xấu dẫn đến hiệu quả chưa cao, vẫn ỷ lại vào việc dùng dự phòng rủi ro để xử lý sau đó chuyển hạch toán theo dõi ngoại bảng tổng kết tài sản.