Sau khi đất nước thống nhất, nhất là sau thời kỳ đổi mới năm 1986, nhiều nhà máy, xí nghiệp trong quân đội chuyển sang làm kinh tế. Cùng với đó, đã ra đời nhiều doanh nghiệp quân đội chuyên hoạt động xây dựng kinh tế, hoặc kết hợp quốc phịng với kinh tế, trong đó có một số tổng cơng ty lớn của quân đội. Khó khăn lớn nhất của các doanh nghiệp lúc đó là về tài chính, vốn liếng. Định hướng ngay từ đầu của Đảng ủy Quân sự Trung ương (nay là Quân ủy Trung ương) và Bộ Quốc phịng là muốn có một tổ chức tài chính hoặc cơng ty tài chính để hỗ trợ cho các doanh nghiệp sản xuất kinh doanh. Sau khi nghiên cứu mơ hình hoạt động ngân hàng qn đội một số nước trên thế giới, được sự đồng ý của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, lãnh đạo Bộ Quốc phòng đã ra quyết định thành lập ngân hàng thương mại qn đội theo mơ hình cổ phần.
Ngân hàng được thành lập theo Giấy phép Hoạt động số 0054/NH-GP do Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam cấp ngày 14 tháng 9 năm 1994 và Quyết định số 00374/GP-UB của Ủy ban Nhân dân Thành phố Hà Nội. Thời gian hoạt động theo giấy phép là 50 năm và Ngân hàng chính thức đi vào hoạt động ngày 4 tháng 11 năm 1994. MB được tổ chức dưới hình thức Cơng ty cổ phần với vốn điều lệ do các cổ đơng đóng góp. Vốn pháp định khi đăng ký thành lập cuối năm 1994 chỉ vỏn vẹn 20 tỷ đồng, trong đó số vốn mà các doanh nghiệp quân đội đóng góp chiếm tới 70%, cịn lại 30% được huy động
theo hình thức xã hội hóa.
Khi mới được thành lập, quy mơ ngân hàng rất nhỏ, chưa có một điể m giao dịch nào ngồi Hội sở chính phải đi thuê ở 28A, đường Điện Biên Phủ (Hà Nội). Nguồn nhân lực lúc ấy chỉ có 25 cán bộ, nhân viên và 5 chiếc máy tính. Trước nhu cầu ngày càng phát triển của nền kinh tế, ngân hàng TMCP Quân đội đã không ngừng mở rộng hoạt động kinh doanh cả về quy mơ và năng lực tài chính, bằng việc thành lập các chi nhánh và phòng giao dịch rộng khắp cả nước. Tháng 6 năm 2005, Ngân hàng Quân đội chi nhánh Điện Biên Phủ được tách ra thành lập chi nhánh cấp I tại 28A ĐBP, trước đây là Hội sở chính của NH. Sau thời điểm thành lập chi nhánh, MB chuyển hội sở chính về Liễu Giai, do vậy chi nhánh MB ĐBP được thành lập và hoạt động ngay tại nơi này.
Tháng 6 năm 2005 chi nhánh chính thức đi vào hoạt động theo quyết định của Hội đồng quản trị NH MB. Từ đó đến nay chi nhánh hoạt động với tư cách là một cơ sở hạch toán độc lập và luôn nỗ lực phát triển nhằm quảng bá và nâng cao uy tín NH
Tổng số cán bộ của Chi nhánh ban đầu chỉ có 16 người được vào biên chế, tuy nhiên với sự nỗ lực không ngừng của tập thể cán bộ nhân viên, sự chỉ đạo của MB mà chi nhánh đã đạt được những thành tựu đáng khích lệ ngay trong những năm đầu thành lập. Hoạt động trong những năm đầu mới thành lập chủ yếu là huy động vốn và cho vay ngắn hạn đối với doanh nghiệp nhà nước. Tuy nhiên với đội ngũ nhân viên được điều hành bởi bộ máy quản trị có chất lượng cao, hiểu biết sâu rộng về các lĩnh vực và có tầm nhìn bao quát, chiến lược, mà chi nhánh Điện Biên Phủ cho đến nay đã trở thành một trong những đơn vị xuất sắc nhất trong hệ thống MB nói riêng và tồn hệ thống NH TMCP nói chung. Hơn thế nữa chi nhánh đã dành được sự tin cậy của khách hàng và thực sự khẳng định được vị thế của mình trên thị trường khi là đơn vị
tiêu biểu thuờng xuyên đem lại lợi nhuận cao nhất cho hệ thống MB. Chi nhánh đã phát triển đa dạng các sản phẩm, dịch vụ với công nghệ đổi mới, chất luợng dịch vụ không ngừng đuợc nâng cao, chiều lịng những khách hàng khó tính nhất.