Vận chuyển và bảo quản các mặt hàng nông sản luôn là bài toán khó đối với hoạt động sản xuất và xuất khẩu nông sản của nước ta. Trong những năm gần đây, cứ mỗi lần được mùa thì người nông dân lại khốn khổ hơn, phần lớn là vì công nghệ bảo quản và chế biến sau thu hoạch của Việt Nam còn đang yếu kém. Đó cũng là lý do tại sao hạt cà phê của Việt Nam mặc dù được xuất khẩu đi khắp thế giới nhưng Việt Nam không hề có tên trên bản đồ cà phê thế giới. Gạo của ta xếp trong top đầu cường quốc xuất khẩu gạo nhưng thế giới không biết đến thương hiệu hạt gạo Việt Nam.
Hiện tại có rất nhiều phương pháp bảo quản nông sản sau thu hoạch như: Phương pháp lạnh; Công nghệ CAS (Cells Alive System); Phương pháp điều chỉnh khí quyển; Phương pháp CA (Controlled Atphosphere); Phương pháp MA (Modified Atmosphere); Phương pháp dùng hóa chất; Phương pháp chiếu xạ; Phương pháp màng. Trong đó, phương pháp bảo quản hiện đại nhất và đang được sử dụng rộng rãi trên Thế giới là Công nghệ CAS (Cells Alive System - Hệ thống tế bào còn sống). Với công nghệ này, các sản phẩm nông sản được bảo quản từ 1 -2 năm hay thậm chí 10 năm vẫn giữ nguyên được phẩm chất như ban đầu. Trong khi ở nước ta, gạo chỉ để được 1-2 năm đã mục hỏng, trái cây chỉ để được tối đa hơn 1 tháng. Tuy nhiên, loại công nghệ này đòi hỏi sự đầu tư dây chuyền sản xuất ban đầu
không nhỏ. Hiện nay, Các doanh nghiệp phải đầu tư khoảng 30 tỷ đồng để có thể nhập khẩu một dây chuyền công nghệ CAS từ Nhật Bản - một con số khá lớn đối với giá trị các mặt hàng nông sản xuất khẩu. Thêm vào đó, các cơ sở sản xuất cũng như doanh nghiệp xuất khẩu nông sản của nước ta vẫn còn mang tính thủ công, manh mún, nhỏ lẻ, chưa dám mạnh dạn đầu tư để có thể cải thiện chất lượng nông sản xuất khẩu.
Ngoài chi phí bảo quản, chi phí vận chuyển hàng hóa cũng đang là cản trở rất lớn đối với hoạt động xuất khẩu nông sản Việt Nam.
Trong một báo cáo của Ngân hàng Thế giới vừa công bố, mức chi phí losgistics ở Việt Nam cao hơn Thái Lan 6%, Malaysia 12%, còn so với Singapore thì cao hơn tới 3 lần. Nguyên nhân được cho là do đường sá chưa tốt, việc quy hoạch cảng chưa hợp lý. Về phía doanh nghiệp xuất khẩu, các chuyên gia cũng cho rằng, nhiều công ty lập kế hoạch cân đối giữa lượng hàng và lượng xe chưa tốt, không tối ưu được tuyến vận chuyển nên để tình trạng chạy xe rỗng, tốn chi phí. Hiện tại, vẫn còn nhiều doanh nghiệp chưa giám sát được đội xe bằng công nghệ, cách mà các doanh nghiệp thường áp dụng hiện nay là liên tục gọi điện để kiểm tra đội ngũ lái xe đã lấy hàng chưa. Việc không chủ động tối ưu hóa chi phí losgistics đã làm đội chi phí giá thành, dẫn đến nông sản Việt kém cạnh tranh trên thị trường xuất khẩu.
Không những vậy, khoảng cách địa lý khá lớn giữa Việt Nam và các nước thành viên EAEU cũng là nguyên nhân chủ yếu làm tăng chi phí vận chuyển hàng hóa, đặc biệt đối với những mặt hàng dễ hư hỏng và yêu cầu một quy trình bảo quản hiện đại như rau quả, gạo, cà phê … Các nước thành viên EAEU đều là những quốc gia phía Đông Âu, với thời gian vận chuyển trung bình mất từ 3 tuần đến 7 tuần hàng hóa mới đến được thị trường này. Ví dụ đối với Nga, Hàng xuất khẩu từ Việt Nam do phải vận chuyển qua các cảng Châu Âu rồi mới vòng lại Nga, hoặc tới cảng Vladivostock rồi đi theo tuyến đường xuyên Nga từ Đông sang Tây, vì thế, chi phí cũng như thời gian vận chuyển lớn hơn rất nhiều so với hàng vận chuyển từ Trung Quốc, Hàn Quốc, Thổ Nhĩ Kỳ, Iran, ẤnĐộ…
2.3.4.3. Năng lực cạnh tranh
Hiện nay, muốn cạnh tranh được trên thị trường quốc tế thì tiêu chí hàng đầu của các loại nông sản phải đạt được là chất lượng – vệ sinh an toàn thực phẩm – mẫu mã – giá thành. Thế nhưng lâu nay, Việt Nam mới chỉ chú trọng sản xuất, kinh doanh những gì mình đang có với khối lượng lớn mà hiệu quả thấp, chất lượng kém mà giá thành cao.
So với các đối thủ cạnh tranh, Việt Nam có công nghệ chế biến lạc hậu, chưa đảm bảo chất lượng sản phẩm theo yêu cầu tiêu dùng của thị trường quốc tế. Mặt khác, kết cấu hạ tầng phục vụ cho việc vận chuyển, bảo quản dự trữ, bốc xếp hàng hóa nông sản, nhất là hàng tươi sống rất yếu kém nên giá thành sản phẩm và phí gián tiếp khác tăng nhanh. Ví dụ: Do công suất bốc xếp ở cảng Sài Gòn là 1000 tấn/ngày chỉ bằng 1/2 công suất cảng Băng Cốc (Thái Lan), cho nên cảng phí cho 1 tàu chở gạo 10,000 tấn ở Việt Nam là 40,000 USD, còn ở cảng Băng Cốc là 20,000 USD, như vậy là chi phí tại cảng trong khâu bốc xếp của Việt Nam đã cao hơn gấp đôi so với cảng Băng Cốc. Chính vì thế hiệu quả kinh tế thu về từ hoạt động xuất khẩu các mặt hàng nông sản chưa tương xứng với tiềm năng và chưa đủ thực lực để cạnh tranh trên thị trường nông sản thế giới.