Bên cạnh những kết quả đạt được, chi nhánh vẫn tồn tại những hạn chế. Thứ nhất, huy động vốn tuy đạt mức tăng trưởng kế hoạch, nhưng so với một số Chi nhánh trên địa bàn tốc độ tăng trưởng còn thấp đặc biệt là năm 2011, mức tăng vốn huy động đạt thấp nhất trong nhiều năm trở lại đây; nguồn tiền gửi vẫn tập trung và phụ thuộc vào một số khách hàng tổ chức kinh tế, tài chính lớn, cơ cấu tiền gửi dân cư chiếm tỷ trọng chưa cao, kỳ hạn nguồn tiền gửi tập trung
ở các kỳ hạn ngắn(dưới 3 tháng) chiếm tỷ trọng lớn... so với tổng nguồn vốn huy động nên tính ổn định, bền vững chưa cao; Lãi suất huy động vốn luôn phải ứng phó, cạnh tranh với các tổ chức tín dụng đã ảnh hưởng hiệu quả về hoạt động huy động vốn. Nguồn vốn huy động luôn trong tình trạng cạnh tranh quyết liệt.
Thứ hai, nhu cầu về vốn tín dụng đối với khách hàng từng thời gian còn rất lớn, đặc biệt trong lĩnh vực sản xuất kinh doanh kể cả khách hàng đang có quan hệ thường xuyên với chi nhánh và khách hàng mới trong khi luôn hạn chế về kế hoạch giới hạn tín dụng, từ đó khó khăn về khả năng mở rộng tín dụng. Tín dụng bán lẻ còn phát triển chậm. Dư nợ tín dụng phụ thuộc chủ yếu vào một số khách hàng lớn, khi giới hạn tín dụng bị thắt chặt, Chi nhánh bị động và nhiều khi không cho vay được các khách hàng tốt khác. Tỷ lệ nợ nhóm 2 tuy duy trì ở mức thấp hơn kế hoạch nhưng vẫn tiềm ẩn khả năng tăng ở mức đáng kể.
Thứ ba, hoạt động dịch vụ tại chi nhánh mặc dù có mức tăng trưởng qua các năm nhưng mức tăng trưởng chưa cao hơn so với các chi nhánh trên địa bàn Hà Nội cả về số lượng, doanh thu và mức thu dịch vụ ròng bình quân đầu người. Thu dịch vụ vẫn tập trung chủ yếu vào các sản phẩm truyền thống như: thu từ hoạt động bảo lãnh, tài trợ thương mại, thanh toán. Mức thu dịch vụ từ các hoạt động bán lẻ như: Western Union, thu phí BSMS, thu phí dịch vụ thẻ, thu phí bảo hiểm... tuy đã tích cực khai thác, tăng trưởng cao nhưng vẫn còn chiếm tỷ lệ thấp trong tổng thu dịch vụ.
Thứ tư, tuy đã có nhiều nỗ lực để đẩy mạnh các hoạt động kinh doanh, nhưng kết quả lợi nhuận trước thuế đạt được còn thấp so với tiềm năng của chi nhánh, đặc biệt lợi nhuận trước thuế bình quân đầu người còn thấp hơn mức bình quân cụm chi nhánh trên địa bàn Hà Nội.
Thứ năm, hiệu quả điều hành chưa cao, chưa thực sự chủ động và kiên quyết,
đặc biệt là sự phối hợp xử lý nghiệp vụ giữa các phòng, bộ phận còn chưa tốt, tốc độ giao dịch còn chưa nhanh, thời gian thực hiện giao dịch còn dài. Các cán bộ của chi nhánh đều còn rất trẻ, đã được đào tạo về căn bản , tuy nhiên còn thiếu kinh nghiệm trong hoạt động và phục vụ khách hàng, chưa thực sự làm tốt công tác tư vấn cho khách hàng.